递归 SPARQL 的最大深度或最大返回行数？答案

【问题标题】：Max depth or max returned rows from recursive SPARQL?递归 SPARQL 的最大深度或最大返回行数？
【发布时间】：2015-09-26 14:18:13
【问题描述】：

我正在尝试从 NCBI 的 MeSH 中获取解剖学术语的所有同义词，但似乎省略了低（est？）级别的术语。

“NK 细胞”绝对是“Killer Cells, Natural”的同义词，http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D007694，它是 MeSH“解剖学类别”http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/U000002的后代@

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68007694

我已将 http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH 中的三元组加载到 AWS/EC2 中的 Virtuoso 服务器中。

“NK 细胞”未出现在对 mesh:U000002 的所有子类的查询中：

PREFIX mesh: <http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
select ?s ?o where {
    ?s skos:altLabel ?o
    { select ?s
    where {
            { ?s rdfs:subClassOf* mesh:U000002  } .
        }
    }
}

会不会有

Virtuoso 中有一些递归限制或最大 # 行限制？
MeSH 有什么特别之处吗？

“NK 细胞”确实出现在仅从低一级开始的查询中，“细胞”http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D002477。

PREFIX mesh: <http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
select ?s ?o where {
    ?s skos:altLabel ?o
    { select ?s
    where {
            { ?s rdfs:subClassOf* mesh:D002477  } .
        }
    }
}

【问题讨论】：

标签： recursion sparql bioinformatics virtuoso mesh-ontology

【解决方案1】：

我将 virtuoso.ini 的 [SPARQL] 部分中的 ResultSetMaxRows 从 10,000 增加到 100,000。

我对所有解剖学同义词的查询现在大约有 35,000 行长，包括“NK 细胞”

我的系统中有几个 virtuoso.ini 文件。我编辑了 /opt/virtuoso-opensource/var/lib/virtuoso/db/virtuoso.ini

【讨论】：