如何在 ggplot2 `annotate()`-APA 风格中格式化 p 值？答案

【问题标题】：How to format p-values in ggplot2 `annotate()`—APA style?如何在 ggplot2 `annotate()`-APA 风格中格式化 p 值？
【发布时间】：2021-05-23 12:47:03
【问题描述】：

我想在散点图中添加一个 p 值，同时尊重APA style。这需要两个元素：(a) 斜体 p，以及 (b) 去除前导零（而且：将小于 .001 的值格式化为 <.001>

我们可以使用自定义公式去除前导零

# Formatting formula
format.p <- function(p, precision = 0.001) {
  digits <- -log(precision, base = 10)
  p <- formatC(p, format = 'f', digits = digits)
  p[p == formatC(0, format = 'f', digits = digits)] <- paste0('< ', precision)
  sub("0", "", p)}

# Get p-value
(p = cor.test(mtcars$wt, mtcars$mpg)$p.value)
1.293959e-10

# Format p-value
(p = format.p(p))
"< .001"

# Make plot    
library(ggplot2)
ggplot(mtcars,aes(x=wt,y=mpg)) +
  stat_smooth(geom="line",method="lm")+
  annotate(geom="text",label=paste0("p = ", p),x=4.5,y=25,size=8)

我们也可以实现斜体plike this:

ggplot(mtcars,aes(x=wt,y=mpg)) +
  stat_smooth(geom="line",method="lm") +

(geom="text",label=paste0("italic('p')~'='",p),parse=T,x=4.5,y=25,size=8)

但是请注意，我们丢失了剥离的零（前导零又回来了，而我们不想要它）。知道如何解决这个问题吗？

【问题讨论】：

你可以试试label=sprintf("italic('p')~'%s'", p)
它几乎可以工作了！（斜体 p 同时保留零带）。除了现在我们缺少等号。你会怎么把它放在那里？
你可以在字符串中添加任何额外的文本，但我觉得p = <.001 没有意义，它可以是p = .001 或p < .001
哦，好的，我明白了！我担心= 符号也会以某种方式错误地斜体，但事实并非如此，所以一切都很好！我猜你是对的，在 < .001 的情况下它没有多大意义，但通常 p 值将是精确的（大于.001）所以在这种情况下我们需要等号.
您想添加解决方案作为答案吗？（或者你更喜欢我吗？）

标签： r ggplot2 decimal p-value plotmath

【解决方案1】：

@rawr 在 cmets 中提供的解决方案（谢谢！）

关键是将label=paste0("italic('p')~'='", p)改为label=sprintf("italic('p')~'%s'", p)。

此外，为了避免出现函数同时输出等于和小于符号的情况（例如，p = < .001），我还修改了format.p() 函数以选择< 或=，具体取决于情况。

这是最终的解决方案：

# Formatting formula
format.p <- function(p, precision = 0.001) {
  digits <- -log(precision, base = 10)
  p <- formatC(p, format = 'f', digits = digits)
  if (p < .001) {
    p = paste0('< ', precision)}
  if (p >= .001) {
    p = paste0('= ', p)    }
  sub("0", "", p)
}

# Get p-value
(p = cor.test(mtcars$wt, mtcars$mpg)$p.value)
1.293959e-10

# Format p-value
(p = format.p(p))
"< .001"

# Make plot    
library(ggplot2)
ggplot(mtcars,aes(x=wt,y=mpg)) +
  stat_smooth(geom="line",method="lm")+
  annotate(geom="text",label=sprintf("italic('p')~'%s'",p),parse=TRUE,x=4.5,y=25,size=8)

【讨论】：