如何将一些样本名称更改为R中PCA中的点或星号等符号？答案

【问题标题】：How to change the some sample names into symbols such as dots or stars in PCA in R?如何将一些样本名称更改为R中PCA中的点或星号等符号？
【发布时间】：2021-03-29 07:31:30
【问题描述】：

10个数据有2类（SNP1-SNP10），我希望用to符号来分隔，但是如何用R写代码。我的代码如下：

data=read.table(file= "snp.txt",header= T,sep = "")
pca=prcomp(t(data),scale=TRUE)
library(ggplot2)
pca.data<-data.frame(Sample=rownames(pca$x), X=pca$x[,1], Y=pca$x[,2])
ggplot(data=pca.data, aes(x=X,y=Y,label=Sample))+geom_text()+theme_bw()+ggtitle("My PCR Graph")+xlab(paste("PC1 - ",pca.var.per[1],"%",sep=""))+ylab(paste("PC2 - ",pca.var.per[2], "%",sep=""))

可能会对Sample=rownames(pca$x) 进行一些更改？

【问题讨论】：

请用dput展示一个可重复的小例子

标签： r symbols pca sample

【解决方案1】：

您想使用shape 美学吗？

https://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_point.html

http://www.cookbook-r.com/Graphs/Shapes_and_line_types/

例如：

ggplot(data=pca.data, aes(x=X,y=Y,label=Sample, shape=Sample))+geom_point()+...

【讨论】：