如何在bash脚本中迭代两个变量？答案

【问题标题】：How to iterate two variables in bash script?如何在bash脚本中迭代两个变量？
【发布时间】：2020-10-22 04:25:11
【问题描述】：

我有这些文件：

file6543_015.bam
subreadset_15.xml
file6543_024.bam
subreadset_24.xml
file6543_027.bam
subreadset_27.xml

我想运行这样的东西：

for i in *bam && l in *xml
do
    my_script $i $l > output_file 
done

因为在我的命令中，第一个 bam 文件与第一个 xml 文件一起出现。对于每个组合 bam/xml，该命令将给出一个特定的输出文件。

【问题讨论】：

您的文件列表是否已修复？或者列表是如何生成的？
bam 和 xml 文件是通过之前完成的另一个命令生成的。它必须提供一个 .bam 文件及其 .xml 文件。
@Paillou ：所以“其他”命令也建立了关联，哪个 bam 文件“属于”哪个 xml 文件？通常，这种关联在 bash 中由关联数组表示，但您没有显示如何其他命令生成两个文件列表。也许一个好的解决方案将涉及更改该命令。

标签： bash shell loops for-loop glob

【解决方案1】：

像这样，使用bash数组：

bam=( *.bam )
xml=( *.xml )
for ((i=0; i<${#bam[@]}; i++)); do
    my_script "${bam[i]}" "${xml[i]}"
done

【讨论】：

【解决方案2】：

假设您有办法为每个特定输出唯一地命名您的 output_file，这是一种方法：

#!/bin/bash
ls file*.bam | while read i
do
    CMD=`echo -n "my_script $i "`
    CMD="$CMD `echo $i | sed -e 's/file.*_0/subreadset_/' -e 's/.bam/.xml/'`"
    $CMD >> output_file
done

【讨论】：

ls file*.bam | while read i 有问题。见Why you shouldn't parse the output of ls。除了那里讨论的问题之外，当使用 read 而不清除 IFS 并传递 -r 参数时，它会修剪尾随空格并删除反斜杠。
除此之外，由于BashFAQ #50 中描述的原因，运行$CMD 无法按您预期的方式运行。特别是，它不适用于带有管道或引号的命令，因此此答案中给出的代码肯定无法按预期运行。（由于BashFAQ #48 中描述的原因，can 将字符串解析为命令的机制通常容易出现安全问题，因此应始终使用 BashFAQ #50 实践。跨度>
感谢 Charles 提供有用的反馈！