最直观的方法是使用蛮力方法,即寻找长度为 k 的每个子字符串(k-mer)(其中 k 从 1到字符串本身的长度)并检查这样的子字符串是否在您的文件中。
首先要做的是定义一个函数(生成器),它返回所有可能的 k-mer:
def all_kmers(sequence, k):
for i in range(len(sequence) - k + 1):
yield sequence[i:i + k]
现在是时候导入文件和你的三个字符串了:
# open the file, import its lines thanks to readlines() and then close it
fileIN=open('FileOfWords.txt','r')
myWords=fileIN.readlines()
fileIN.close()
# remove newline tags
for id in range(len(myWords)):
myWords[id]=myWords[id].strip()
# load the strings
string1 = " ASASASASASATHEHFGFDFGDFDFDDOGFDFDF"
string2 = "DOGLINEJSDKJSDJKSDKJSDTHECVCVVCV"
string3 = "UHFDUIHKDFSHUIDSFUIHDSFHUSDSHUIS"
现在是时候摇滚了:
print "In string 1:"
for k in range(len(string1)):
for kmer in all_kmers(string1, k):
if kmer in myWords:
print kmer
print "\nIn string 2:"
for k in range(len(string2)):
for kmer in all_kmers(string2, k):
if kmer in myWords:
print kmer
print "\nIn string 3:"
for k in range(len(string3)):
for kmer in all_kmers(string3, k):
if kmer in myWords:
print kmer
这样的代码返回:
In string 1:
THE
DOG
In string 2:
DOG
THE
LINE
In string 3:
注意:通过将三个字符串包含在一个列表中,您可以避免 3 个单独的步骤,并将所有内容包含在一个贯穿该列表的唯一循环中。
所以基本上在字符串定义之后,代码是:
myList=[string1,string2,string3]
for l in range(len(myList)):
StringUnderTest=myList[l]
print "String #"+str(l+1)
for k in range(len(StringUnderTest)):
for kmer in all_kmers(StringUnderTest, k):
if kmer in myWords:
print kmer
print
这样的代码返回
String #1
THE
DOG
String #2
DOG
THE
LINE
String #3