将低于阈值的值设置为 netcdf 文件中的阈值答案

【问题标题】：setting values below a threshold to the threshold in a netcdf file将低于阈值的值设置为 netcdf 文件中的阈值
【发布时间】：2016-09-06 22:52:03
【问题描述】：

我想在 netcdf 文件中将常量 c 下的所有值设置为 c 本身：file .nc

使用气候数据运营商 (CDO) 的解决方案是

cdo mul -gec,$c file.nc file.nc t1.nc
cdo add -mulc,$c -ltc,$c file.nc t1.nc output.nc
rm -f t1.nc

但是有没有更简洁/更短的方法来做到这一点？

【问题讨论】：

标签： bash netcdf nco cdo-climate

【解决方案1】：

您可以使用NCO's ncap2 轻松完成此操作。

例如在file.nc中设置x的所有值低于100到100，并在file2.nc中输出：

>>> ncap2 -s 'where(x<100.) x=100;' file.nc -O file2.nc

【讨论】：

【解决方案2】：

将 Python 与 NumPy 和 netCDF4 结合使用，您可以执行以下操作：

import numpy as np
from netCDF4 import Dataset

dataset = Dataset('/path/to/dataset','r+')

data = dataset.variables['data_variable_name'][:]

threshold = 100 # or whatever your constant c is

# np.where(condition, value if true, value if false)
new_data = np.where(data < threshold, threshold, data)

# Write your new data back to the NetCDF file
dataset.variables['data_variable_name'][:] = new_data[:]

dataset.close()

祝你好运！

【讨论】：

我同意这是可行的，但我认为一般来说data[data < threshold] = threshold 是在 Python 中执行此操作的更快方法。
我同意。我总是忘记这个较短的语法。现在我不会了！
虽然 data[data

【解决方案3】：

ncap2的裁剪算子最简洁：

ncap2 -s 'x=x>>100' in.nc out.nc

【讨论】：

此命令有效，但会默默地转换数据，例如浮动到双倍（ncap2 版本 4.3.7）
那是一个相当旧的版本。在当前版本中工作正常（浮点数保持为浮点数）。刚刚试了一下。
@CharlieZender 认为我有一个包含许多时间步长的大型 NETCDF。以上将导致内存问题。如何在不读取整个数据文件的情况下一次将上述代码行应用于 1 个时间步来执行上述操作？
您可以尝试使用手册中描述的 ncap2 的数组语法一次剪切 N 个切片。如果这不起作用，那么您可以使用 ncks 拆分文件，使用 ncap2 剪辑，然后使用 ncrcat 重新组装。

【解决方案4】：

气候数据运营商 (CDO) 使用 expr 还可以更有效地执行此操作。将this post中的示例改编为this question中的具体示例，假设变量的名称是x，常量是c，那么命令会是什么像这样：

cdo -expr,'x = ((x > c)) ? x : c' infile.nc outfile.nc

其中? 和: 是三元条件运算符，x ? y : z 表示y if x not equal 0, else z。有关运算符和表达式的更多信息，请参阅CDO Manual，第 2.7.1 节。

【讨论】：

非常不错，没想到expr...