读取 .VTK 多数据文件并将其转换为 Numpy 数组答案

【问题标题】：Reading a .VTK polydata file and converting it into Numpy array读取 .VTK 多数据文件并将其转换为 Numpy 数组
【发布时间】：2016-11-25 02:03:54
【问题描述】：

我想将 .VTK ASCII 多数据文件转换为仅包含点坐标的 numpy 数组。我首先尝试了这个：https://stackoverflow.com/a/11894302，但它存储了一个 (3,3) numpy 数组，其中每个条目实际上是使该特定单元格（在本例中为三角形）的三个点的坐标。但是，我不想要单元格，我想要每个点的坐标（不重复）。接下来我尝试了这个：https://stackoverflow.com/a/23359921/6619666 进行了一些修改。这是我的最终代码。这些值不是 numpy 数组，而是存储为元组，但我不确定该元组是否代表每个点。

import sys

import numpy
import vtk
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

reader = vtk.vtkPolyDataReader()
reader.SetFileName('Filename.vtk')
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.ReadAllVectorsOn()
reader.Update()
nodes_vtk_array= reader.GetOutput().GetPoints().GetData()
print nodes_vtk_array

请提出建议。

【问题讨论】：

标签： python arrays numpy vtk

【解决方案1】：

你可以从vtk.numpy_interface使用dataset_adapter：

from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa

polydata = reader.GetOutput()
numpy_array_of_points = dsa.WrapDataObject(polydata).Points

来自Kitware blog：

可以访问 PointData、CellData、FieldData、Points （仅 vtkPointSet 的子类）、Polygons（仅 vtkPolyData） this 方式。

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以像这样从 polydata 对象中获取点坐标：

polydata = reader.GetOutput()
points = polydata.GetPoints()
array = points.GetData()
numpy_nodes = vtk_to_numpy(array)

【讨论】：

对于vtk-8.1.0 和type(polydata) == <class 'vtkCommonDataModelPython.vtkPolyData'>，这会导致以下异常：AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'GetData'
在获取阅读器的输出之前尝试使用'reader.update()'。