使用 python 在 numpy 数组中加载 tiff 堆栈答案

【问题标题】：Load a tiff stack in a numpy array with python使用 python 在 numpy 数组中加载 tiff 堆栈
【发布时间】：2016-10-09 21:08:37
【问题描述】：

我在处理 .tif 文件时遇到了一点问题。我确信这只是一个我无法解决的小问题（请记住，我是一个相对较新的程序员）。

基本上：我准备了 64x64xn 大小的 .tif 文件（n 直到 1000）。该图像只是一个包含所有这些切片的文件。我想将图像加载到（多维）numpy 数组中。我试过了：

from PIL import Image as pilimage

file_path=(D:\luca\test\test.tif)
print("The selected stack is a .tif")
dataset = pilimage(file_path)
tiffarray = np.array(dataset)
expim = tiffarray.astype(np.double);
print(expim.shape)

和其他东西（如 tifffile）。我似乎只能读取堆栈的第一部分。 “expim”是否可以包含保存在 tiff 堆栈中的所有信息？

【问题讨论】：

标签： python arrays image numpy tiff

【解决方案1】：

我不确定是否有办法让 PIL 打开 tiff 堆栈的多个切片。

但是，如果您不必使用 PIL，则可以使用 scikit-image，它默认从 tiff 堆栈中打开多个切片。下面是一些关于如何使用 scikit-image 将 tiff 堆栈加载到 Numpy 数组中的示例代码：

>>> from skimage import io
>>> im = io.imread('an_image.tif')
>>> print(im.shape)
(2, 64, 64)

请注意，imread 函数将图像直接加载到 Numpy 数组中。此外，结果数组的维度是有序的 (z, y, x)，其中 z 代表深度，y 代表高度，x 代表宽度。因此，要从堆栈中获取单个切片，您所要做的就是：

>>> print(im[1].shape)
(64, 64)

【讨论】：

不确定我收到的多页 TIFF 是否有问题，但收到此错误：KeyError: <COMPRESSION.CCITT_T6: 4>。

【解决方案2】：

PIL 有一个函数 seek 可以移动到 tiff 堆栈的不同切片。

from PIL import Image

file_path=(D:\luca\test\test.tif)
print("The selected stack is a .tif")
dataset = Image.open(file_path)
h,w = np.shape(dataset)
tiffarray = np.zeros((h,w,dataset.n_frames))
for i in range(dataset.n_frames):
   dataset.seek(i)
   tiffarray[:,:,i] = np.array(dataset)
expim = tiffarray.astype(np.double);
print(expim.shape)

【讨论】：