用于在混合 logit 模型中将主题设置为随机效应的最直接的 R 包

Question

我有一个数据集，其中每个人都属于一个特定的组，在多个离散结果之间反复进行选择。

subID  group   choice
1      Big     A
1      Big     B
2      Small   B
2      Small   B
2      Small   C
3      Big     A
3      Big     B
.       .      .
.       .      .

我想测试组成员身份如何影响选择，并想说明由于同一个人做出的重复选择而导致观察结果的非独立性。反过来，我计划实现一个混合多项式回归，将组作为固定效应，将 subID 作为随机效应。在 R 中似乎有一些多项式 logits 选项，我希望得到一些指导，哪些可能最容易为这种混合模型实现：

1) multinom - GLM，通过 nnet，允许使用 multinom 函数。这似乎是 a nice, clear, straightforward option... 对于 固定 效果模型。但是，有没有办法用 multinom 实现随机效应？ A previous CV post 表明 multinom 能够处理具有泊松分布和对数链接的混合效应 GLM。但是，我不明白（a）为什么会这样或（b）所需的语法。谁能澄清一下？

2) mlogit - 一个很棒的包，带有非常有用的小插曲。但是，“混合 logit”文档是指具有与 替代特定协变量（通过 rpar 参数实现）相关的随机效应的模型。我的模型没有替代的特定变量；我只是想说明参与者的随机截取。这可能与 mlogit 吗？当使用mlogit.data 将数据整形为长格式时，是否通过将 subID 设置为id.var 来自动考虑这种差异？编辑：我刚刚发现了一个“欺骗”mlogit 的例子，它为因人而异的变量提供随机系数（非常底部here），但我不太了解所涉及的语法。

3) MCMCglmm 显然是另一种选择。但是，作为 R 的相对新手和完全不熟悉贝叶斯统计的人，我个人不习惯解析 example syntax of mixed logits with this package，或者，即使按照语法，对先验或其他需要的参数进行猜测。

对于最直接的方法及其语法实现的任何指导将不胜感激。我还想知道 subID 的随机效应是否需要嵌套在组内（因为个人是组的成员），但这可能是 CV 的问题。无论如何，非常感谢您提供任何见解。

Answer 1

我会推荐 Hess & Palma 的 Apollo 包。它附带了一个很棒的文档和一个非常有用的用户组。