使用文本文件检查文件是否存在答案

【问题标题】：Check if a file exists using a text file使用文本文件检查文件是否存在
【发布时间】：2017-10-02 22:21:01
【问题描述】：

我有一个文件夹（分子），其中包含许多代表不同分子的 sdf 文件（M00001.sdf、M00002.sdf 等）。我还有一个 csv，其中每一行代表一个分子（M00001、M00002 等）。如果它们的名称是 csv 文件中的一行，我正在编写代码以获取 Molecules 文件夹中的文件。

第一次尝试

import os
path_to_files = '/path_to_folder/Molecules' # path to Molecules folder

for files in os.listdir(path_to_files):
    names = os.path.splitext(files)[0] # get the basename (molecule name)
        with open('molecules.csv') as ligs: # Open the csv file of molecules names
            for hits in ligs:
                if names == hits:
                    print names, hits
                else:
                    print 'File is not here'

但是，这在命令行上不返回任何内容（字面意思是什么都没有）。这段代码有什么问题？

【问题讨论】：

标签： python csv operating-system

【解决方案1】：

我不确定这是不是最好的方法（我只知道以下代码适用于我的数据）但是如果您的 molecule.csv 具有标准 csv 格式，即“molecule1,molecule2 ,molecule3 ..."，您可以尝试以这种方式重新排列您的代码：

import os
import csv
path_to_files = '/path_to_folder/Molecules' # path to Molecules folder

for files in os.listdir(path_to_files):
    names = os.path.basename(files)
    names = names.replace(".sdf","")
    with open('molecules.csv','r') as ligs:
        content = csv.reader(ligs)
        for elem in content:
            for hits in elem:
                if names == hits:
                    print names, hits
                else:
                    print 'File is not here'

请参阅csv File Reading and Writing 了解 csv 模块

【讨论】：

其实是在打印else语句。
@MarcosSantana 确保名称和点击量确实相等（因为如果您将“molecule1.sdf”作为 name 并将“molecule1”作为 hits，您将拥有 else 语句）。在正确的位置检查 print names 和 print hits。
刚刚检查过了。当我打印名称时，它显示分子1，就像我打印命中一样。我真的不知道为什么它不起作用。可以肯定的是，我只在文件夹上搜索了分子 1.sdf 并进行了检查，它就在那里。
使用您的代码，内容中的每个元素都是一个列表（每个分子都是一个元素的列表，即分子名称）而不是一个字符串。也许这就是它不起作用的原因？
在我的数据中，这是可行的，因为 hits 是列表 elem 的一个元素，即字符串列表。所以在 names （即一个字符串）和每个 hits （即一个字符串，它是字符串列表的一个元素）之间存在一个比较（即 == ）。比较中是否有相同类型的变量？

【解决方案2】：

我用相当粗暴的方法解决了这个问题

import os
import csv
import shutil

path_to_files = None # path to Molecules folder
new_path = None # new folder to save files
os.mkdir(new_path) # create the folder to store the molecules

hits = open('molecules.csv', 'r') 

ligands = []

for line in hits:
    lig = line.rstrip('\n')
    ligands.append(lig)

for files in os.listdir(path_to_files):
    molecule_name = os.path.splitext(files)[0]
    full_name = '/' + molecule_name + '.sdf'
    old_file = path_to_files + full_name
    new_file = new_path + full_name
    if molecule_name in ligands:
        shutil.copy(old_file, new_file)

【讨论】：