在遍历文件夹时更改工作目录

Question

目前我正在尝试在 Linux 命令行上对成像文件 (scan.nii.gz) 运行 MRI 软件 (TBSS)。

扫描文件都存储在不同的文件夹中，供不同的参与者使用，文件名相同，所以：

/home/scans/participant1/scan.nii.gz

/home/scans/participant2/scan.nii.gz

/home/scans/participant3/scan.nii.gz

此软件的作用是在当前工作目录中创建分析结果。由于扫描具有相同的图像名称，因此它们会一直被覆盖。

我想遍历所有参与者文件夹，使其成为我的工作目录，然后执行 tbss 命令，它就是 tbss_1_preproc scan.nii.gz。这样，文件就会保存在当前工作目录，也就是参与者目录中。

在 Linux 中有什么明智的做法吗？

非常感谢！

Answer 1

在 BASH 中尝试一下。下面的代码未经测试，但它应该给你一个线索

#! /bin/bash

find . -name scan.nii.gz | while read line
do
   cd $(dirname "${line}")
   tbss_1_preproc $(basename "${line}")
done

把它放在一个文件中并使其可执行。将其复制到您的扫描文件夹并执行它。