ls 和 xargs 输出特定的文件扩展名答案

【问题标题】：ls and xargs to output specific file extentionsls 和 xargs 输出特定的文件扩展名
【发布时间】：2017-02-06 21:40:39
【问题描述】：

我正在尝试使用ls 和xargs 打印特定的文件扩展名.bam and .vcf 而没有路径。下面是关闭的，但是当我| 两个ls 命令时，我得到下面的错误。分开它工作正常，除了每个文件都打印在换行符上（我的实际数据有数百个文件并且更容易阅读）。谢谢：）。

目录中的文件

1.bam
1.vcf
2.bam
2.vcf

有错误的命令

ls /home/cmccabe/Desktop/NGS/test/R_folder/*.bam | xargs -n1 basename | ls /home/cmccabe/Desktop/NGS/test/R_folder/*.vcf | xargs -n1 basename >> /home/cmccabe/Desktop/NGS/test/log
xargs: basename: terminated by signal 13

期望的输出

1.bam 1.vcf
2.bam 2.vcf

【问题讨论】：

只需将参数提供给第一个 ls。您不能随意使用管道命令。 ls *.a *.b *.c ...
@SamiKuhmonen 如果你回答我会接受...谢谢:)

标签： ls xargs

【解决方案1】：

ls 目前并没有真正为您做任何事情，它是列出您所有文件的 shell。由于您正在传递ls 的输出，因此您实际上很容易受到dangerous file names 的攻击。

basename 可以使用 -a 选项接受多个参数：

basename -a "path/to/files/"*.{bam,vcf}

要在两列中打印，您可以使用printf 通过xargs，使用sort 进行...排序。贯穿始终的-z 或-0 标志会导致将空字节用作文件名分隔符：

basename -az "path/to/files/"*.{bam,vcf} | sort -z | xargs -0n 2 printf "%b\t%b\n"

如果您要在打印到列后进行更多处理，您可能需要将printf 格式中的%bs 替换为%qs。这将在输出中转义不可打印的字符，但在人眼看来可能有点难看。

【讨论】：

【解决方案2】：

您不能将输出通过管道传输到ls 并让它与其他输出一起打印。您应该将参数提供给第一个参数，它将输出所有内容。

ls *.a *.b *.c | xargs ...q

【讨论】：