【问题标题】：R: Catch errors and continue execution after logging the stacktrace (no traceback available with tryCatch)R：在记录堆栈跟踪后捕获错误并继续执行（tryCatch 没有可用的回溯）
【发布时间】：2017-02-19 05:10:12
【问题描述】：

我在服务器上运行了许多无人参与的 R 批处理作业，我必须在它们运行后分析作业失败。

我正在尝试捕获错误以记录它们并从错误中正常恢复，但我无法获取堆栈跟踪 (traceback) 以记录导致错误的 R 命令的代码文件名和行号.一个（愚蠢的）可重现的例子：

f <- function() {
  1 + variable.not.found    # stupid error
}

tryCatch( f(), error=function(e) {
  # Here I would log the error message and stack trace (traceback)
  print(e)            # error message is no problem
  traceback()         # stack trace does NOT work
  # Here I would handle the error and recover...
})

运行上面的代码会产生这个输出：

f() 中的simpleError：找不到对象'variable.not.found'

没有可用的回溯

回溯不可用，原因记录在 R 帮助 (?traceback) 中：

通过 try 或 tryCatch 捕获的错误不会生成回溯，所以打印的是最后一个调用序列未捕获的错误，不一定是最后一个错误。

换句话说：使用tryCatch 捕获错误确实会杀死堆栈跟踪！

我该怎么做

处理错误和
记录堆栈跟踪（回溯）以供进一步检查
[可选] 不使用无法保证在未来正常工作的未记录或隐藏的 R 内部函数？

非常感谢！

【问题讨论】：

标签： r logging error-handling

【解决方案1】：

对不起，答案很长，但我想在一个答案中总结所有知识和参考资料！

需要解决的主要问题

tryCatch 将调用堆栈“展开”到tryCatch 调用，以便traceback 和sys.calls 不再包含完整堆栈跟踪，以识别导致错误或警告的源代码行.
tryCatch aborts the execution if you catch a warning 通过为warning 条件传递处理函数。如果您只想记录警告，则无法正常继续执行。
dump.frames 写入堆栈跟踪的评估环境（帧）以允许事后调试（= 检查每个函数调用中可见的变量值）但 dump.frames "forgets" to save the workspace too if you set the parameter to.file = TRUE。因此，重要的对象可能会丢失。
寻找一个简单的日志框架，因为 R 不支持开箱即用的体面日志
使用源代码行丰富堆栈跟踪。

解决方案概念

使用withCallingHandlers 而不是tryCatch 来获取指向引发错误或警告的源代码行的完整堆栈跟踪。
只在withCallingHandlers 中捕获警告（不在tryCatch 中），因为它只是调用处理程序函数但不会更改程序流程。
用tryCatch 包围withCallingHandlers 以根据需要捕获和处理错误。
使用dump.frames和参数to.file = FALSE将转储写入名为last.dump的全局变量中，并通过调用save.image将其与全局环境一起保存到文件中。
李>
使用日志框架，例如。 G。包裹futile.logger。
当您设置 options(keep.source = TRUE) 时，R 会跟踪源代码引用。您可以将此选项添加到您的 .Rprofile 文件中，或者使用设置此选项的启动 R 脚本和 source 您的实际 R 脚本。
要使用跟踪的源代码行丰富堆栈跟踪，您可以使用未记录（但广泛使用）的函数 limitedLabels。
要从堆栈跟踪中过滤掉 R 内部函数调用，您可以删除所有没有源代码行引用的调用。

实施

代码模板

而不是使用tryCatch，你应该使用这个代码sn-p：

library(futile.logger)

tryCatch(
  withCallingHandlers(<expression>,
    error = function(e) {
      call.stack <- sys.calls() # is like a traceback within "withCallingHandlers"
      dump.frames()
      save.image(file = "last.dump.rda")
      flog.error(paste(e$message, limitedLabels(call.stack), sep = "\n"))
    }
    warning = <similar to error above>
  }
  error = <catch errors and recover as you would do it normally>
  # warning = <...> # never do this here since it stops the normal execution like an error!
  finally = <your clean-up code goes here>
}

通过包实现可重用 (`tryCatchLog`)

我已经实现了一个包含上述所有概念的简单包。它使用futile.logger 包提供了一个函数tryCatchLog。

用法：

library(tryCatchLog)  # or source("R/tryCatchLog.R")

tryCatchLog(<expression>,
            error = function(e) {
              <your error handler>
            })

你可以在 github 上找到免费的源代码：

https://github.com/aryoda/tryCatchLog

您也可以source tryCatchLog function 而不是使用完整的软件包。

示例（演示）

请参阅demo file，它提供了很多 cmets 来解释它是如何工作的。

参考文献

其他`tryCatch` 替换

使用在 try catch 时执行多次尝试（重试）的功能记录警告和错误，例如。 G。用于访问不可靠的网络驱动器：

Handling errors before warnings in tryCatch
withJavaLogging 函数不依赖于其他包，这也丰富了使用limitedLabels 调用堆栈的源代码引用：

Printing stack trace and continuing after error occurs in R

其他有用的链接

http://adv-r.had.co.nz/Exceptions-Debugging.html

A Warning About warning() - avoid R's warning feature

In R, why does withCallingHandlers still stops execution?

How to continue function when error is thrown in withCallingHandlers in R

Can you make R print more detailed error messages?

How can I access the name of the function generating an error or warning?

How do I save warnings and errors as output from a function?

options(error=dump.frames) vs. options(error=utils::recover)

General suggestions for debugging in R

Suppress warnings using tryCatch in R

R Logging display name of the script

Background information about the "srcrefs" attribute (Duncan Murdoch)

get stack trace on tryCatch'ed error in R

【讨论】：

我真的很奇怪为什么一些看似简单的事情在R中却如此复杂。通常在调用异常处理程序时，调用堆栈应该是完整的；只有在从错误中恢复时，才需要一些魔法。

【解决方案2】：

traceback 函数可用于打印/保存当前堆栈跟踪，但您必须指定一个整数参数，即从顶部省略的堆栈帧数（可以是 0）。这可以在 tryCatch 块内或其他任何地方完成。说这是文件t.r的内容：

f <- function() {
    x <- 1
    g()
}
g <- function() {
    traceback(0)
}

当您将此文件导入 R 并运行 f 时，您将获得堆栈跟踪：

3：t.r#7 处的回溯(0)
2：g() 在 t.r#3
1: f()

其中包含每个条目的文件名和行号信息。您将获得来自tryCatch 实现的几个堆栈帧，并且您不能通过为traceback 指定非零参数来跳过它们，但如果tryCatch 的实现发生变化，这确实会中断。

文件名和行号信息（源引用）仅适用于已解析以保留源引用的代码（默认情况下为source'd 代码，但不包括包）。堆栈跟踪将始终具有调用表达式。

堆栈跟踪由traceback 打印（无需在其上调用print）。

对于记录一般错误，有时使用options(error=) 很有用，这样就不需要修改导致错误的代码。