从 Python 脚本重定向 subprocess.run() 标准错误答案

【问题标题】：Redirecting subprocess.run() stderr from Python script从 Python 脚本重定向 subprocess.run() 标准错误
【发布时间】：2020-03-15 23:51:07
【问题描述】：

上下文：我正在使用 SRA 工具包下载以从 SRA 下载加入。下载 .sra 文件后，需要使用 vdb-validate accession 检查其完整性，该 vdb-validate accession 将 stderr 输出到终端。我想将此标准错误捕获到一个文件中以供以后处理。

问题：而vdb-validate accession &> validation_file.txt 完美运行，将stderr 存储在validation_file.txt 中并且不向终端打印任何内容；在使用subprocess.run(["vdb-validate", accession, "&>", validation_file])（accession 和 validation_file 是变量）从 Python 脚本中使用 subprocess.run() 调用相同的命令后，输出将打印到终端，并且没有任何内容写入文件。 p>

提前致谢。

注意：我在 Linux 服务器上使用 Python 3.6.8

【问题讨论】：

标签： python subprocess stdout stderr

【解决方案1】：

子进程允许你捕获stdout:

>>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"])
'Hello World!\n'

您也可以使用stderr=subprocess.STDOUT 轻松地将stderr 重定向到stdout：

>>> subprocess.check_output(
...     "ls non_existent_file; exit 0",
...     stderr=subprocess.STDOUT,
...     shell=True)
'ls: non_existent_file: No such file or directory\n'

【讨论】：