Python Subprocess - 变量类型？答案

【问题标题】：Python Subprocess - variable types?Python Subprocess - 变量类型？
【发布时间】：2014-03-14 09:45:38
【问题描述】：

我正在编写一个 python 代码，它使用了一些只能从我的 Unix 终端（Windows 7 操作系统，使用 putty 终端）访问的程序为了我。

这是代码

#written in Py 2.7

from subprocess import call

subject = open ('test_file1', 'r')
target =open ('test_file2', 'r')
output = open ('output_test.bla8', 'w')
call(['blat', '-prot', '-minScore=0', '-stepSize=5', '-repMatch=2253', '-minIdentity=0', '-out=blast8', subject, target, output])
subject.close()
target.close()
output.close()

我收到的错误是这样的：

TypeError: execv() arg 2 must contain only strings

所以有点解释，“blat”是我正在调用的程序，所有 -flags 都是我想传递给 blat 程序的参数，最后三个语句也是我需要进入程序的参数，但是他们实际上为程序指定要读/写的文件。

如果不使用'subprocess.call'，有没有办法将参数值传递给实际上是文件的shell命令？当然有一种简单的方法可以做到这一点，作为我的初学者，我只是不知道。顺便说一下，我看过 subprocess 文档，但作为一个新手，我仍然无法完全理解 http://docs.python.org/2/library/subprocess.html#subprocess.call

谢谢！！！

【问题讨论】：

blat 是用来获取文件名还是句柄？我敢打赌，问题在于您将命令组件列表中的文件对象传递给call，并且它只需要字符串。您在寻找stdin 和stdout kwargs 吗？
是的，你的预感是正确的。调用函数将只接受字符串。我认为不可能做我正在尝试的事情。我通过创建我需要的输入文件列表然后通过索引查找将它们提供给 call() 来解决这个问题（代码如下作为新答案）。谢谢，塞拉斯！

标签： python shell variables unix subprocess

【解决方案1】：

当你这样做时：

f = open('file','r')

您的 Python 进程正在打开文件并将文件句柄/对象存储在 f 中。这个打开的文件句柄/对象不能放在命令行上（你不能输入它），所以你会收到来自call 的错误，它接受命令行参数。

如果您的“blat”程序采用文件名并在自己的进程中打开文件，您应该删除open 调用并将文件名直接放入call 调用中。如果这不是 blat 所做的，那么您需要了解它如何获取数据并以该形式传递它。

【讨论】：

您的问题正好给了我所需的灵感。您是正确的，blat 可以通过自己的进程打开文件。不过，我需要使用一个变量，而不是硬编码文件句柄，因为最终我想构建一个循环来在许多文件上运行这个 blat 程序。我使用您的建议解决了这个问题 - 代码如下。这么简单，我之前怎么没想到？！谢谢彼得！

【解决方案2】：

我用这段代码解决了这个问题：

new_list= []
for file in os.listdir('.'):
    if fnmatch.fnmatch(file, '*.fa'):
    new_list.append(file)

input_file1 = new_list[0]
input_file2 = new_list[1]
blat =call(['blat', '-prot', '-minScore=0', '-stepSize=5', '-repMatch=2253', 'minIdentity=0', '-out=blast8', input_file1 , input_file1, 'output_test'])

【讨论】：