Python 问题从控制台中的 .py 运行 subprocess.Popen()

Question

我正在运行一个程序，它使用 subprocess.Popen() 来完成一些任务（我不能为它们使用 os.system()）。当我从控制台运行它时，在 IDE 中正确运行的程序（我稍后会解释）会停止，尽管我可以通过在控制台中写入 fg 来恢复它。

代码如下（这是一段代码，完整代码实现了类似的任务，出现同样的问题）...

import subprocess


p,o = subprocess.Popen(['/bin/bash', '-c', '-i', 'which python3.5'], stdout=subprocess.PIPE).communicate()
p = p.decode('ascii')
print(p)


print('Installing pysamstats...')
subprocess.Popen(['/bin/bash', '-c', '-i', 'conda install -y -c bioconda     pysamstats']).communicate()
print('OK')

如果代码是从 IDE 运行的（我使用 PyCharm 和 anaconda 作为解释器），则会出现输出并且所有脚本都可以顺利运行，但每次调用 Popen 时都会出现以下消息...

bash: cannot set terminal process group (3556): Inappropriate ioctl for device
bash: no job control in this shell

正如我所说的，除了“错误”之外，代码是正确执行的。

但是，如果我从控制台运行 .py 文件...

python3 '/DIRTOFILE/ZZZ.py' 

出现以下消息...

/home/labcombio1/anaconda3/bin/python3.5

Installing pysamstats...

[1]+  Stopped                 python3 '/media/labcombio1/ZZZ.py'

即执行第一个命令，并正确打印输出，而停止第二个命令。如果我用fg 恢复命令，它工作正常。如果第一个 Popen 命令没有运行，也就是只运行第二个，也会发生同样的情况。

我试过shell=True，删除.communicate()，添加stdout=subprocess.PIPE，但这些都不能解决控制台上的“已停止”行。其他命令产生相同的结果。

最后，我尝试运行以下命令：

subprocess.Popen('conda install -y -c bioconda pysamstats', shell=True).communicate()

subprocess.Popen(['/bin/bash', '-c', 'conda install -y -c bioconda     pysamstats']).communicate()

虽然它们都在 Pycharm 中正常工作（它们甚至不提示 bash: cannot set terminal process group (3556): Inappropriate ioctl for device），但终端仍然失败，并显示以下消息：

/bin/sh: 1: conda: not found

我对子流程模块知之甚少，尽管阅读了其他问题和一些关于它的页面，但我一直无法解决这个问题。

提前谢谢你

Answer 1

第一个问题：

bash: cannot set terminal process group (3556): Inappropriate ioctl for device
bash: no job control in this shell

从bashinterpreter 中删除-i 标志。

-i 如果存在 -i 选项，则 shell 是交互式的。

例子：

p, o = subprocess.Popen(['/bin/bash', '-c', 'which python3.5'], stdout=subprocess.PIPE).communicate()

第二期：

/bin/sh: 1: conda: not found

condapath 未在您的环境中导出。

可能的解决方案

1) 将其加载到您的 IDE 中。

2) 使用可执行文件的完整路径。

subprocess.Popen(['/path/to/conda/conda', 'install', '-y', '-c', 'bioconda', 'pysamstats']).communicate()

3) 将env 传递给Popen。

subprocess.Popen(['conda', 'install', '-y', '-c', 'bioconda', 'pysamstats'], env={"PATH": "/path/to/conda"}).communicate()