Python3我应该如何执行这个复杂的shell命令答案

【问题标题】：Python3 How should I execute this complex shell commandPython3我应该如何执行这个复杂的shell命令
【发布时间】：2018-10-30 15:43:11
【问题描述】：

我想通过python执行这个shell命令，我试过用

shell="ls *R1.fastq.gz|while read a; do b=${a%R1.fastq.gz}R2.fastq.gz; c=${a%R1.fastq.gz}R1.out.fq; d=${a%R1.fastq.gz}R2.out.fq; e=${a%R1.fastq.gz}.s.fq; echo "sickle pe -t sanger -f $a -r $b -o $c -p $d -s $e"; done >SICKLE.sh"

system.os(shell)

但是得到一个SythaxError: InvalidSyntax 我做了一些研究，也许我应该使用subprocces ？但我对此很陌生，我们能帮帮我吗？

【问题讨论】：

另外你必须在你的命令中转义引号，或者使用单引号来包含你的字符串。
@chrisz 转义引号是什么意思？搭上他们？但如果没有它们，它将无法正常工作
一种方式是这样的：shell="ls *R1.fastq.gz|while read a; do b=${a%R1.fastq.gz}R2.fastq.gz; c= ${a%R1.fastq.gz}R1.out.fq;d=${a%R1.fastq.gz}R2.out.fq;e=${a%R1.fastq.gz}.s.fq ; echo \"sickle pe -t sanger -f $a -r $b -o $c -p $d -s $e\"; 完成 >SICKLE.sh"

标签： python-3.x shell command subprocess os.system

【解决方案1】：

escape 引号（在字符串中的引号前添加\）

shell="*R1.fastq.gz|while read a; do b=${a%R1.fastq.gz}R2.fastq.gz; c=${a%R1.fastq.gz}R1.out.fq; d=${a%R1.fastq.gz}R2.out.fq; e=${a%R1.fastq.gz}.s.fq; echo \"sickle pe -t sanger -f $a -r $b -o $c -p $d -s $e\"; done >SICKLE.sh"

subprocess.call：

import subprocess
subprocess.call(["ls", shell])

【讨论】：