R：For循环复制错误答案

【问题标题】：R: For Loop Copying ErrorR：For循环复制错误
【发布时间】：2018-03-31 04:48:49
【问题描述】：

我正在尝试使用包特定函数 (Red::records) 获取给定物种名称数据框中每个物种的 GPS 坐标信息，该函数从包含物种分布信息的数据库中提取坐标信息。

我的 For-loop 构造如下，其中迭代是 nrow(names)，函数 records 返回 lat/long 坐标：

for(i in 1:iterations){
  gbif[i,1] <- names[i,] ## grab names

  try(temp1 <- records(names[i,]))
  try(temp1$scientificName <- names[i,])

  try(temp2 <- merge(gbif, temp1, by.x="V1", by.y="scientificName"))
  datalist[[i]] <- temp2
}

执行此循环后，我可以获取物种的数据；但是，它没有适当地与名单合并。例如，调用 records("Agyneta flibuscrocus") 正确返回 5 个唯一的纬度/经度坐标，而调用 records("Agyneta mongolica") 会产生错误，发现 0 个记录（这在在线检查时对每个物种都有效）。

在这个循环之后，我使用以下方法将所有获得的记录绑定到一个数据框中：

dat = do.call(rbind, datalist) ## merge all occurrence data from GBIF into 
one data frame
dat <- unique(dat)

当我去验证这个数据框时，我得到以下示例数据：

Agyneta flibuscrocus        -115.58400        49.72
Agyneta flibuscrocus        -117.58400        51.299
...
Agyneta mongolica           -115.58400        49.72
Agyneta mongolica           -117.58400        51.299

这些错误的复制也会在其余 200 个名称中重复出现。附带说明一下，我将所有内容都包装在 try 语句中，因为如果代码遇到从数据库产生 0 结果的记录，则代码将不会执行。

我觉得我在这里忽略了一些非常明显的东西？

可重现的数据和代码：

install.packages("red")
library(red)

names = data.frame("Acantheis variatus", "Agyneta flibuscrocus", "Agyneta 
mongolica", "Alpaida alticeps", "Alpaide venilliae", "Amaurobius 
transversus", "Apochinomma nitidum")

iterations = nrow(names)
datalist = list()

temp1 <- data.frame() ## temporary data frame for joining occurrence data 
from GBIF

for(i in 1:iterations){
  gbif <- names[i,] ## grab name

  try(temp1 <- records(gbif))
  try(temp1$V1 <- gbif)

  datalist[[i]] <- temp1

}

dat = do.call(rbind, datalist)

【问题讨论】：

请提供一些示例数据，如here所述。
@tobiasegli_te 我的错，谢谢你让我排队:)

标签： r for-loop dataframe merge rbind

【解决方案1】：

我修改了您脚本的某些部分，现在它似乎可以正常工作（使用您的示例数据，该函数仅成功检索一个物种的数据，即在您的代码中复制的那个，但这不是编码问题）。

错误重复的主要原因是变量temp1 被重用。 try(temp1 <- records(gbif)) 失败但 try(temp1$V1 <- gbif) 没有，因为 temp1 和 gbif 都被（错误地）定义了。确保循环迭代中定义的变量不会被带到下一次迭代。

iterations = nrow(myNames)
datalist = list()

for(i in 1:iterations){
    gbif <- myNames[i,] ## grab name
    try_result <- try(records(gbif))
    if(class(try_result) != "try-error"){
        temp1 <- try_result
        temp1$V1 <- gbif
        datalist[[i]] <- temp1
        rm(temp1)
    }else{
        datalist[[i]] <- NA
    }
    rm(try_result)
}

dat <- do.call(rbind, datalist[!is.na(datalist)])

【讨论】：