如何使用 Docker 容器启动 Conda 环境

Question

我是docker 新手，如果这是一个愚蠢的问题，请见谅。

作为背景，我使用的是我无法编辑或更改的 docker 图像。我使用docker run [various-args] [image-name] 运行容器并启动容器。如果我随后运行docker exec -it [ID] bash，我可以从容器内部得到一个shell，它成功地执行了我所有python代码所需的conda环境，所以我可以运行python script.py，一切运行正常。

我想自动化这个过程以备将来使用，所以我想把这些命令放到一个脚本中，这样我就不需要在环境中手动输入或执行任何东西。我认为可行的解决方案是：

docker exec -it [ID] bash -c "python script.py"

但这不起作用，python 代码出现导入错误。我的假设是conda环境没有被激活，所以我尝试执行conda activate my-env，这会踢回一个新的错误：

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.

所以，我按照说明先运行conda init bash 看看是否有帮助，但这个错误最终仍然会出现。最终，如果我先执行一个 bash shell，然后手动开始运行 python 代码，一切都很好，但如果我尝试一次完成所有操作，conda 环境由于某些原因无法设置。有没有办法在不编辑图像本身的情况下完成这项工作，还是需要重建图像？

提前致谢！

Answer 1

conda activate 函数由conda init 命令添加到.bashrc 的代码定义。除非使用 -l (--login) 标志，否则 Bash 不会获取 .bashrc。

但是，Conda 提供了在指定环境中执行的 conda run 命令，而不是使用 shell。所以，试试类似的东西

docker exec -it [ID] conda run -n my-env python script.py

对于交互式脚本，可能还需要一些额外的conda run 标志，例如--live-stream 或--no-capture-output。见conda run -h。