使用列表、字典和循环匹配密码子答案

【问题标题】：Matching codons using lists, dictionaries and loops使用列表、字典和循环匹配密码子
【发布时间】：2014-06-21 21:29:39
【问题描述】：

这是迄今为止我遇到的比较困难的问题之一，所以请原谅我没有提供实质性的尝试。

我想要一个打印匹配密码子的程序，格式如下：

AAA : TTT
GGG : CCC
TTT : AAA
CCC : GGG
    .
    .
    .

这是我所做的：

pairs = {'A':'T','C':'G','T':'A','G':'C'}
codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']
codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CAC', 'CCG', 'ATG', 'GCC', 'GTA']
for A in codonsA:
    print A + ' :',
    for B in codonsB:
        print B,
    print

#OUTPUT:

AAG : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
TAC : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
CGG : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
GAT : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
TTG : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
GTG : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
CAT : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
GGC : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
ATT : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA
TCT : TAA CTA AAC TTC AGA CAC CCG ATG GCC GTA

我现在需要做的是从冒号右侧的每一行中去掉 B 中的 9 个密码子，只在右侧留下一个与左侧 A 中的密码子匹配的密码子。我该怎么做？

【问题讨论】：

标签： python loops python-2.7 dictionary bioinformatics

【解决方案1】：

你甚至不需要codonsB 列表。一个密码子以 1:1 的比例映射到其反密码子补体上。

def anticodon(codon):
    """returns the anticodon complement for a given codon"""
    return ''.join(pairs[c] for c in codon)

anticodon('AAG')
Out[5]: 'TTC'

如果需要检查，您可以随意检查codonsA 中的每个元素是否在codonsB 中具有反密码子。

all(anticodon(c) in codonsB for c in codonsA)
Out[6]: True

我认为您最初正在寻找的输出：

for codon in codonsA:
    print '{} : {}'.format(codon,anticodon(codon))

AAG : TTC
TAC : ATG
CGG : GCC
GAT : CTA
TTG : AAC
GTG : CAC
CAT : GTA
GGC : CCG
ATT : TAA
TCT : AGA

【讨论】：

好吧，问题是我必须同时使用codonsA 和codonsB 以及字典pairs 和for 循环。虽然我是自学，所以我不必像教科书上所说的那样做，所以非常感谢你的回答，但我也希望看到它以另一种方式完成。
我无法真正解决这个问题所考虑的方法，因为完全没有必要拥有第二个补语列表。一个密码子有一个反密码子，这就是 DNA 的工作原理:-)
这是有道理的，拥有第二个密码子真的没有意义，即使在生物学中他们也只担心第一个密码子，因为很容易找出匹配的密码子。非常感谢，我会用你的回答:)
这些pairs函数哪里来的？
@llopis 检查 OP。这是dict。