未定义符号：clapack_sgesv答案

【问题标题】：undefined symbol: clapack_sgesv未定义符号：clapack_sgesv
【发布时间】：2012-02-08 01:40:37
【问题描述】：

我有这个小代码：

from numpy import *
from scipy import signal, misc
import matplotlib.pyplot as plt

path="~/pics/"
band_1 = misc.imread(path + "foo.tif");

H = array((1/2.0, 1/4.0, 1/2.0));
signal.convolve2d(band_1.flatten(), H)

plt.figure()
plt.imshow(band_1)
plt.show()

然后我执行此代码python foo.py 并抛出此错误：

Traceback (most recent call last):
  File "foo.py", line 2, in <module>
    from scipy import signal
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/signal/__init__.py", line 10, in <module>
    from filter_design import *
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/signal/filter_design.py", line 12, in <module>
    from scipy import special, optimize
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/optimize/__init__.py", line 14, in <module>
    from nonlin import *
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/optimize/nonlin.py", line 113, in <module>
    from scipy.linalg import norm, solve, inv, qr, svd, lstsq, LinAlgError
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/linalg/__init__.py", line 9, in <module>
    from basic import *
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/linalg/basic.py", line 14, in <module>
    from lapack import get_lapack_funcs
  File "/usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/linalg/lapack.py", line 15, in <module>
    from scipy.linalg import clapack
ImportError: /usr/lib/python2.6/site-packages/scipy/linalg/clapack.so: undefined symbol: clapack_sgesv

怎么了？好像是from scipy import signal，但我不是很清楚。

我已经查看了其他来源和论坛，但还没有原因：

谢谢

【问题讨论】：

标签： numpy scipy python-2.6

【解决方案1】：

在 Debian 上，您可以使用 update-alternatives，假设您安装了多个参考实现。

来自debian wiki

update-alternatives --config liblapack.so.3
update-alternatives --config libblas.so.3

【讨论】：

这是为我做的。详情danielnouri.org/notes/2012/12/19/…
我是唯一一个这样做的人。
@Emre 对不起，那没关系。我对 +1 和评论之间的差距感到困惑。

【解决方案2】：

我无法确定，因为您没有指定您使用的发行版，但我在 Gentoo 上遇到了同样的问题。

/usr/lib 和 /usr/lib64 具有指向实际库的符号链接。默认情况下，它链接到 libblas、libcblas 和 liblapack 的参考实现——它不会为 clapack_sgesv 和许多其他例程导出符号。

在 Gentoo 中解决这个问题：

sudo emerge blas-atlas
eselect blas list
eselect cblas list
sudo eselect blas set X # Grab X from the result of
sudo eselect cblas set X # the 'list' lines above
sudo emerge lapack-atlas
eselect lapack list
sudo eselect lapack set X
sudo emerge --unmerge scipy numpy matplotlib
sudo emerge scipy numpy matplotlib (... whatever else ...)

【讨论】：

...顺便说一句，如果选项可用，您会想使用线程选项。

【解决方案3】：

从 Ubuntu 12.04 升级到 12.10 后，我遇到了这个问题。问题是我在 /usr/local/lib/python2.7/dist-packages 中安装了两个版本的 scipy。为了解决我所做的问题：

 sudo apt-get remove python-scipy
 sudo rm -fr /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scipy*
 sudo apt-get install python-scipy

【讨论】：