在 biopython 中使用 if/else 列出理解

Question

我希望在单个列表理解中执行此操作：

for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq"):
    if rec.id+"_RC" in RCList:
        rec.reverse_complement(id=rec.id,description="")
    else:
        rec

这行得通：

good_reads = ( rec.reverse_complement(id=rec.id,description="") for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq") if rec.id+"_RC" in RCList )

如果我将 else 放入这一行，则会出现一般无效的语法错误：

(1) 读取 = ( rec.reverse_complement(id=rec.id,description="") for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq") if rec.id+"_RC" in RCList rec if not rec .id+"_RC" in RCList)

或同样适用：

(2) 读取 = ( rec.reverse_complement(id=rec.id,description="") for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq") if rec.id+"_RC" in RCList else (rec) )

最后，我使用 SeqIO 将其写入文件

SeqIO.write(good_reads,infile2+".RC.fastq", "fastq")

上述（1）和（2）有什么问题？

Answer 1

列表推导和生成器表达式可能有点令人困惑，因为它们使用关键字 if，但它与 Python 中通常的 if 不同。

Listcomps 和 genexps 的格式如下：

expression for x in iterable if condition

if condition 部分将被评估，如果结果为真，expression 部分将被评估，并且（对于 listcomp）该值将出现在新列表中；或（对于 genexp）该值将出现在产生的值中。但是这里没有提供else。

您可以使用 Python 中的三元 if 来做您想做的事。您可以使用这种格式的表达式：

true_expression if condition else false_value

condition 将被评估。如果结果为真，则true_expression 将被评估并返回结果；如果condition 的结果为假，则将评估false_value 并返回结果。这是一种表达方式。

有些人认为将三元 if 放入括号可以提高可读性：

(true_expression if condition else false_value)

您可以将上述三元表达式用作 listcomp 或 genexp 的 expression 部分。

所以，你可以这样使用它：

good_reads = ( rec.reverse_complement(id=rec.id,description="") if rec.id+"_RC" in RCList else rec for rec in SeqIO.parse(infile2, "fastq")  )

另见：

Is it possible to use 'else' in a python list comprehension?