xpathSApply 返回空，但 xmlValue 使用 R 中的 XML 包给出正确的值答案

【问题标题】：xpathSApply returns empty but xmlValue gives the correct value using XML package in RxpathSApply 返回空，但 xmlValue 使用 R 中的 XML 包给出正确的值
【发布时间】：2020-07-31 15:52:53
【问题描述】：

最近，我想使用 R 和包 XML 解析 XML 文件。从网站教程学习后，我可以在 XML 指定标签中获取我想要的值。但是当我想解析我自己的 xml 文件时（文件在这里：https://drive.google.com/open?id=1yr0klZ0eChTAPmZpnlYL-hQ3-42Sply2）。我总是获取空列表（其实我想要PC-ID_id标签的值）。

library(XML)
xml = xmlParse('./100000.xml', useInternalNodes = TRUE)
xpathSApply(xml, '//PC-ID_id', xmlValue)
# list()

xmltop = xmlRoot(xml)
xmlValue(xmltop[['PC-AssaySubmit_assay']]
         [['PC-AssaySubmit_assay_descr']]
         [['PC-AssayDescription']]
         [['PC-AssayDescription_aid']]
         [['PC-ID']]
         [['PC-ID_id']]
)
# "100000"

你能帮我弄清楚使用 xpathSApply() 时返回空列表的原因吗？

谢谢。

【问题讨论】：

标签： r xml

【解决方案1】：

问题可能是因为您的 XML 文档使用了默认命名空间。在创建 xpath 表达式时，您需要正确考虑这一点。

较新的xml2 库可以更轻松地剥离默认命名空间。因此，例如，您可以这样做

library(xml2)
read_xml('./100000.xml') %>% 
  xml_ns_strip() %>% 
  xml_find_all("//PC-ID_id") %>% 
  xml_text
# [1] "100000"

如果您真的非常想使用XML 包，请查看this question 的可能答案

【讨论】：

非常感谢！第一次知道命名空间的问题。周末愉快。