R S3 方法未从命名空间导出

Question

为什么我有这个错误信息：

> vegan::reorder.hclust
Error: 'reorder.hclust' is not an exported object from 'namespace:vegan'

虽然这种 S3 方法很好用。例如，如果我输入help(reorder.hclust, package = "vegan")，我将获得预期的帮助页面，vegan:::reorder.hclust 在控制台上显示函数的源代码...
我的vegan 安装的NAMESPACE 文件也包含S3method(reorder, hclust)。

我想在另一个包中使用这个功能，我需要导入它或使用vegan::reorder.hclust

> sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.4 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=fr_BE.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=fr_BE.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=fr_BE.UTF-8     LC_MONETARY=fr_BE.UTF-8    LC_MESSAGES=fr_BE.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=fr_BE.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=fr_BE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] MASS_7.3-49     compiler_3.4.3  Matrix_1.2-11   parallel_3.4.3  tools_3.4.3    
 [6] mgcv_1.8-23     yaml_2.1.18     nlme_3.1-131.1  grid_3.4.3      permute_0.9-4  
[11] vegan_2.4-6     cluster_2.0.6   lattice_0.20-35

Answer 1

您收到该错误是因为vegan 没有导出该函数。它可以为未导出的内容提供帮助。使用三个冒号vegan:::reorder.hclust显示未导出的内部函数；通常你应该避免使用这些。

但是，当vegan 包被加载时，它的reorder.hclust 函数将被添加到reorder 的方法表中。所以你只需要确保它被加载，然后如果hc 是一个hclust 对象，reorder(hc) 将调用reorder.hclust 方法。您可以通过将 requireNamespace("vegan") 放入您的代码中，或从您的 NAMESPACE 文件中的 vegan 导入某些内容来做到这一点。

如果有两个reorder.hclust 方法（由同时加载的不同包定义），那么我认为除了使用vegan:::reorder.hclust 之外，我认为没有一种简单的方法可以让您指定vegan，CRAN会反对。你需要让vegan 维护者导出他们的函数，这样你就可以使用合法的vegan::reorder.hclust 访问它，或者将代码复制到你自己的包中，或者其他一些不方便的方法。