在 NodeJS 中运行 Conda 命令

Question

我无法在我的 NodeJS 应用中使用 exec 运行 Conda 命令。

var conda_path = '~/miniconda3/bin/conda'

var cmd = conda_path + ' init bash & ' + conda_path + ' activate XYZ'
exec(command,
    function(error, stdout, stderr){

    }
);

我收到以下错误：

/bin/sh: /Users/username/Desktop/repos/project/XYZ: 是一个目录

CommandNotFoundError：您的 shell 未正确配置为 使用“康达激活”。要初始化你的 shell，运行

$ conda init <SHELL_NAME>

目前支持的 shell 有： - 重击 - 鱼 -tcsh - xonsh -zsh - 电源外壳

有关更多信息和选项，请参阅“conda init --help”。

重要提示：您可能需要在运行后关闭并重新启动 shell 'conda 初始化'。

我在网上找不到关于从 NodeJS 应用程序运行 conda 命令的相关信息。

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

t 似乎可以使用& 字符来运行多个命令。

我还需要指定位于/users/username/miniconda??/etc/profile.d/ 内的conda.sh 的路径。

此文件可以复制到任何位置，例如您的 NodeJS 应用的根文件夹。

这是工作代码：

Windows 10

var commands = [
        'C:\\anaconda\\Scripts\\activate.bat C:\\anaconda',
        'conda activate XYZ_v0_1_env',
        'XYZ arg1  <some_file_input> arg2 arg3 arg4 <some_file_output>',
    ]

exec(commands.join(' & '),
    function(error, stdout, stderr){
        console.log(error)
        console.log(stdout)
        console.log(stderr)
    }
);

OSX

const exec = require('child_process').exec;

var conda_path = __dirname + '/conda.sh'

var commands = [
        conda_path,
        conda_path + ' init',
        conda_path + ' activate XYZ_v0_1_env',
        'XYZ arg1  <some_file_input> arg2 arg3 arg4 <some_file_output>',
    ]

exec(commands.join(' & '),
    function(error, stdout, stderr){
        console.log(error)
        console.log(stdout)
        console.log(stderr)
    }
);

---

编辑：使用spawn 而不是exec 来读取进程的实时输出，即生成实时进度：

var commands = [
        'C:\\anaconda\\Scripts\\activate.bat C:\\anaconda',
        'conda activate XYZ_v0_1_env',
        'XYZ arg1  <some_file_input> arg2 arg3 arg4 <some_file_output>',
    ]

var spawn_ = spawn(commands.join('&'), { shell: true });

spawn_.stdout.on('data', function (data) {
    //do something
});

spawn_.stderr.on('data', function (data) {
    //do something
});

spawn_.on('exit', function (code) {
    //do something
});

Answer 2

conda run

Conda 提供conda run 命令用于在环境中执行程序或运行脚本，而无需手动激活它。在您的情况下，您只需要一个命令，例如，

var conda_exec = "C:\\anaconda\\Scripts\\conda.exe"
var env_name = "XYZ"
var sub_cmd = "XYZ arg1 <some_file_input> arg2 arg3 arg4 <some_file_output>"

var command = [conda_exec, 'run', '-n', env_name, sub_cmd].join(" ")

...

请注意，conda run 目前直到最后才返回 I/O 结果。这意味着您将无法测量执行命令的进度，并且如果您期望获得较大的回报（即，不适合内存），则不应使用它。

---

建议：考虑将环境命名为XYZ_env，甚至包括版本控制（例如，XYZ_v0_1_env），以便区分XYZ 环境和XYZ 程序。