从 R 运行 jar 时出现 rJava NoSuchFileException答案

【问题标题】：rJava NoSuchFileException when running jar from R从 R 运行 jar 时出现 rJava NoSuchFileException
【发布时间】：2018-03-12 05:31:57
【问题描述】：

我正在尝试使用 rJava 包从 R 运行可运行的 JAR 文件。这个 jar 必须向/从外部文件夹写入和读取一些文件，这些文件与 jar 文件本身在同一路径中，如下所示：

mypath/myjar.jar
mypath/folder1
mypath/folder2
mypath/input_file1.txt
mypath/input_file2.txt

如果我通过在“mypath”中打开控制台并按以下方式运行 jar 来调用该程序，则该程序可以正常工作：

java -jar myjar.jar input_file1.txt input_file2.txt false

但是当我尝试在 R 中使用 rJava 运行这段代码时，代码会在某个时候崩溃，因为它既找不到 mypath/folder1 也找不到 mypath/folder2，即使工作目录被正确定义为“mypath ”。

jinit(".",force.init=TRUE) # this starts the JVM
.jaddClassPath("myjar.jar")
jobject <- .jnew("package_name/Main")  ## call the constructor

result_java <- rJava::.jcall(obj = jobject, returnSig = "V", method = "main", c("input_file1.txt","input_file2.txt","false"))

事实上，调用java程序，它确实能够找到也在mypath中的输入文件，但由于某种原因，当它尝试写入mypath中的文件夹（例如folder1和folder2）时崩溃了错误：

Error executing task java.nio.file.NoSuchFileException: folder1/some_file.txt

我真的不知道发生了什么，花了几个小时在这上面。我在这里遗漏了一些非常明显的东西吗？

【问题讨论】：

标签： java r path rjava nosuchfileexception

【解决方案1】：

当您使用 Java 运行代码时，您位于 mypath 内部，并且位置 folder1 和 folder2 对您的代码可见。

也许，您应该传递（作为参数）目录位置，而不是在 Java 代码中访问 folder1，而应该访问显式路径。

result_java <- 
   rJava::.jcall(
     obj = jobject, 
     returnSig = "V", 
     method = "main",
       c( 
         "input_file1.txt",
         "input_file2.txt",
         "false",
         "full_path_to_your_mypath_location"))

然后，在main 中，您可以简单地打开full_path_to_your_mypath_location/some_file.txt。当您启动 R 时，您可能不再在您的代码所在的目录中。也可以试试换目录

setwd(full_path_to_your_mypath_location)

【讨论】：