使用 MATLAB biplot 绘制超过 1 种颜色的数据

Question

我有 3 组数据，它们作为一组执行了 PCA。我想用不同的颜色突出显示每个变量组。在此之前，我覆盖了 3 个双标图。这会给出不同的颜色，但会在数据中产生失真，因为每个 biplot 函数都会扭曲数据。这会导致所有组都出现不同程度的偏差，从而导致绘图不正确。

如何获取 PCA 分数矩阵 (30x3) 并将其拆分，以便第一个 10x3 是一种颜色，下一个 10x3 是另一种颜色，第三个 10x3 是另一种颜色，而不会使数据倾斜？

Answer 1

“倾斜”正在发生，因为 biplot 正在重新规范分数，因此最远的分数是距离 1 。 axis equal 不会解决这个问题。你应该使用scatter3 而不是biplot

data = rand(30,3);
group = scores(1:10,:)
scatter3(group(:,1), group(:,2), group(:,3), '.b')

hold all
group = scores(11:20,:)
scatter3(group(:,1), group(:,2), group(:,3), '.r')

group = scores(21:30,:)
scatter3(group(:,1), group(:,2), group(:,3), '.g')
hold off

title('Data')
xlabel('X')
ylabel('Y')
zlabel('Z')

或者修改代码的 scatter3 行，使标记为不同的颜色。 'marker' 后面的参数告诉我们要绘制什么符号以及什么符号和颜色。例如。 '.r' 是一个红点。有关标记和颜色参数，请参阅 Linespec。

scatter3(plotdataholder(1:14,1),plotdataholder(1:14,2),plotdataholder(1:14,3),35,[1 0 0],'marker', '.b');

hold on;

scatter3(plotdataholder(15:28,1),plotdataholder(15:28,2),plotdataholder(15:28,3),35,[0 0 1],'marker', '.r') ;

scatter3(plotdataholder(29:42,1),plotdataholder(29:42,2),plotdataholder(29:42,3),35,[0 1 0],'marker', '.g');

Answer 2

这是我用不同颜色绘制双标图数据的方法。绘图之前的代码行取自 biplot.m 文件。双标图操作数据的方式保持不变，并且在使用重叠双标图时不会出现数据倾斜。

这种编码不是最有效的，可以看到可以切割的部分。我想保持代码完整，这样人们就可以看到 biplot 是如何完整地工作的。

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

xxx = coeff(:,1:3); 
yyy= score(:,1:3);

**%Taken from biplot.m; This is alter the data the same way biplot alters data - having the %data fit on grid axes no larger than 1.**

[n,d2] = size(yyy);  
[p,d] = size(xxx); %7 by 3  
[dum,maxind] = max(abs(xxx),[],1);  
colsign = sign(xxx(maxind + (0:p:(d-1)*p)));  
xxx = xxx .* repmat(colsign, p, 1);  
yyy= (yyy ./ max(abs(yyy(:)))) .* repmat(colsign, 42, 1);  
nans = NaN(n,1);  

ptx = [yyy(:,1) nans]';  
pty = [yyy(:,2) nans]';  
ptz = [yyy(:,3) nans]';  

**%I grouped the pt matrices for my benefit** 

plotdataholder(:,1) = ptx(1,:);  
plotdataholder(:,2) = pty(1,:);  
plotdataholder(:,3) = ptz(1,:);  

**%my original score matrix is 42x3 - wanted each 14x3 to be a different color**

scatter3(plotdataholder(1:14,1),plotdataholder(1:14,2),plotdataholder(1:14,3),35,[1 0 0],'marker', '.');   
hold on;  
scatter3(plotdataholder(15:28,1),plotdataholder(15:28,2),plotdataholder(15:28,3),35,[0 0 1],'marker', '.') ;  
scatter3(plotdataholder(29:42,1),plotdataholder(29:42,2),plotdataholder(29:42,3),35,[0 1 0],'marker', '.');   
xlabel('Principal Component 1');  
ylabel('Principal Component 2');  
zlabel('Principal Component 3');  

Answer 3

我不确定它是否会有所帮助，但请在覆盖图之后尝试axis equal。