具有 2 个值的定性调色板的 ggplot2 和 RcolorBrewer答案

【问题标题】：ggplot2 and RcolorBrewer with qualitative palettes of 2 values具有 2 个值的定性调色板的 ggplot2 和 RcolorBrewer
【发布时间】：2012-10-21 22:39:12
【问题描述】：

我使用 RColorBrewer 在 ggplot2 中设置颜色。我写了一个函数，并在同一张图表上叠加了 1 到 4 行。为了设置我使用的颜色：

scale_color_brewer(type="qual", palette="Set1")

根据手册“对于定性调色板，可用的不同值的最低数量始终为 3”，因此当行数等于 1 或 2 时，我会收到警告消息。有什么 claver 技巧可以应付吗？

罗伯特

@Ben Bolker：您是绝对正确的，在许多情况下必须提交可重现的示例，尽管这里没有必要。因为我的原始函数很长，所以我准备了一个简单的例子来说明问题。

library("datasets")
library("ggplot2")

set.seed(1367)
y <- log10(lynx)
y.estim <- y + rnorm(length(y), sd=0.2)
mydf <- data.frame(time=1:length(y), y, y.estim) 
mydf <- melt(mydf, id="time")

p <- ggplot(mydf, aes(x=time, y=value, color=variable))
p + geom_line() + geom_point(size=2) + theme_bw() +
   scale_color_brewer(type="qual", palette="Set1") #here is a problem

也许我可以直接指定颜色。我知道

library("RColorBrewer")
> brewer.pal(4, "Set1")
[1] "#E41A1C" "#377EB8" "#4DAF4A" "#984EA3"

是否可以使用例如“#E41A1C”？

【问题讨论】：

我在发帖前试过了——不行。
supressWarnings 仅在您包装对print 的显式调用时才有效，当brewer.pal 似乎已被评估时。
@user1160354：关于发布的一些快速想法——（1）一个可重现的例子很好（尽管在这种情况下可能不是完全必要的，因为问题很简单并且清楚）； (2) 说出您已经尝试过的内容会有所帮助（例如“我已经尝试过suppressWarnings() 并且仍然收到警告”），只是为了节省其他人的时间..
如果suppressWarnings不起作用，也许你可以试试old_opt <- options(warn=-1); ggplot(...); options(old_opt)
@Ben：它有效，但每次我调用我的函数时，我都必须使用选项。

标签： r colors ggplot2

【解决方案1】：

正如@mnel 建议的那样，将语句包装在显式的print 语句中似乎可行：

suppressWarnings(print(p + geom_line() + geom_point(size=2) + theme_bw() +
     scale_color_brewer(type="qual", palette="Set1")))

会话信息：

> sessionInfo()
R Under development (unstable) (2012-10-14 r60940)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

[snip]

other attached packages:
[1] reshape2_1.2.1  ggplot2_0.9.2.1

编辑 - @mnel

您可以重新定义 print.ggplot 以自动执行此操作。不知道会不会导致环境（parent.frame 问题）

print.ggplot <- function(..., warnings = getOption('ggplot_warning', default = TRUE)){
  if(warnings){
    ggplot2:::print.ggplot(...))} else { 
     suppressWarnings(ggplot2:::print.ggplot(...))
   }
  }

所以，如果你想关闭 ggplot 打印的所有警告，你只需设置

options(ggplot_warning = FALSE)

否则它应该正常运行。

【讨论】：

谢谢你的详细介绍，因为我不明白如何使用打印。现在它工作正常。
可以使用 scale_color_brewer(type="qual", palette="Set1") 代替：mycol <- brewer.pal(4, "Set1"); scale_color_manual(values = mycol)
@Ben Bolker，添加了一个print 方法来实现，如果您认为不明智，请随时删除。