R中的VIF值答案

【问题标题】：VIF values in RR中的VIF值
【发布时间】：2018-04-30 06:45:20
【问题描述】：

我有一个问题：有人使用页面http://www.highstat.com/index.php/mixed-effects-models-and-extensions-in-ecology-with-r 中提供的代码HighstatLibV10.R 运行了corvif 函数？我无法获得 VIF 值，因为输出给了我这个错误：

Error in myvif(lm_mod) : object 'tmp_cor' not found!

我有 6 个物理变量，我正在寻找变量之间的共线性。欢迎任何帮助！

【问题讨论】：

您好 Mauro，欢迎来到 StackOverflow。你的问题不清楚。您应该提供您在问题中遇到问题的代码，而不是您提供的链接，或者除了您提供的链接之外。此外，错误消息和代码在格式化为代码块时更容易准备和理解。
谢谢乔伊。对不起，如果我没有很好地解释。我在 30 个站点中有六个环境变量。我想测试变量之间的共线性。为此，我应该运行 corvif 函数和带有 Pearson 相关系数的 pairplot 以获得 VIF 值。 Corvif 函数正在运行（这里是我的错误），您可以从此链接获取文件：highstat.com/Books/Book2/HighstatLibV10.R 当我运行 corvif(mydata) 时出现错误：myvif(lm_mod) 中的错误：找不到对象 'tmp_cor'。任何帮助都非常受欢迎。
请更新您的问题，而不是在 cmets 中添加信息。这样更容易阅读。
我遇到了与v1 和v10 相同的问题。我检查了他们的所有数据集 (here)，没有发现名为 tmp_cor 的变量的证据。（我曾认为这是特定数据集的错误遗留物......）。所以，不幸的是，我也想不出一个解决方案......
糟糕.. 我在代码中查找 tmp_cor 时输入了错误的 find 搜索：p。所以tmp_cor 是在corvif 中创建的对象，它是使用cor 函数创建的（在R 安装附带的基本stats 包中）。具体来说，tmp_cor <- cor(dataz,use="complete.obs")。但是，当我查看corvif 的代码时，它已从代码中删除

标签： correlation

【解决方案1】：

如果使用 corvif() 不是最重要的，您可以使用 R 包“car”中的 vif() 来获取线性模型的 VIF 值。

【讨论】：

【解决方案2】：

所以tmp_cor是一个应该在corvif中创建的对象

tmp_cor 是使用 cor 函数（在 R 安装附带的基本 stats 包中）通过：tmp_cor <- cor(dataz,use="complete.obs") 创建的。

但是，我注意到 Zurr 等人的 HighstatLib.R 代码的 v1 和 v10 都会出现此错误：

Error in myvif(lm_mod) : object 'tmp_cor' not found!

首先我检查了 V10：

似乎在采购HighstatLibV10.R 时创建的corvif 的“最终”版本实际上根本忽略了创建tmp_cor！

> print(corvif)
function(dataz) {
  dataz <- as.data.frame(dataz)

  #vif part
  form    <- formula(paste("fooy ~ ",paste(strsplit(names(dataz)," "),collapse=" + ")))
  dataz   <- data.frame(fooy=1 + rnorm(nrow(dataz)) ,dataz)
  lm_mod  <- lm(form,dataz)

  cat("\n\nVariance inflation factors\n\n")
  print(myvif(lm_mod))
}

但是，我注意到在使用 V1 时也出现了 OP 帖子中的错误（即与Zuur et al 2010 关联的 HighstatLib.R）。尽管代码文件创建了corvif 的两个版本，但它们（尤其是两者中的后者将取代第一个版本）包含一行来创建tmp_cor：

corvif <- function(dataz) {
    dataz <- as.data.frame(dataz)
    #correlation part
    cat("Correlations of the variables\n\n")
    tmp_cor <- cor(dataz,use="complete.obs")
    print(tmp_cor)

    #vif part
    form    <- formula(paste("fooy ~ ",paste(strsplit(names(dataz)," "),collapse=" + ")))
    dataz   <- data.frame(fooy=1,dataz)
    lm_mod  <- lm(form,dataz)

    cat("\n\nVariance inflation factors\n\n")
    print(myvif(lm_mod))
}

因此，即使 corvif 的代码在 V1 代码文件中创建了 tmp_cor，看来辅助函数 myvif（实际上使用 tmp_cor 对象）并未访问它。

这表明我们有一个范围界定问题...

果然，如果我只是快速更改tmp_cor 行以创建global object，代码就可以正常工作：

 tmp_cor <<- cor(dataz,use="complete.obs")

具体来说：

corvif <- function(dataz) {
    dataz <- as.data.frame(dataz)
    #correlation part
    cat("Correlations of the variables\n\n")
    tmp_cor <<- cor(dataz,use="complete.obs")
    print(tmp_cor)

    #vif part
    form    <- formula(paste("fooy ~ ",paste(strsplit(names(dataz)," "),collapse=" + ")))
    dataz   <- data.frame(fooy=1,dataz)
    lm_mod  <- lm(form,dataz)

    cat("\n\nVariance inflation factors\n\n")
    print(myvif(lm_mod))
}

可以通过操作environments 来完成更完整的“修复”。

【讨论】：