需要一些帮助来编写一个函数

Question

我正在尝试编写一个需要几行代码并允许我输入单个变量的函数。我有下面的代码，它使用 Surv 函数（Survival 包）创建一个对象。第二行采用有问题的变量，在本例中为列为 Variable_X 的列，并输出可以使用 ggsurvplot 可视化的数据。输出是 Kaplan-Meier 生存曲线。我想做的是有一个函数，我可以输入 f(Variable_X) 并为我从数据中选择的任何列显示输出 KM 曲线。我希望 f(y) 输出 KM，就好像我将 y 放在 ~Variable_X 当前所在的位置一样。我是 R 新手，对函数的工作方式非常陌生，我尝试了下面的代码，但它显然不起作用。我正在研究数据营并阅读帖子，但我遇到了困难，感谢任何帮助。

surv_object <- Surv(time = KMeier_DF$Followup_Duration, event = KMeier_DF$Death_Indicator)

fitX <- survfit(surv_object ~ Variable_X, data = KMeier_DF)

ggsurvplot(fitX, data = KMeier_DF, pval = TRUE)

 f<- function(x) {
 dat<-read.csv("T:/datafile.csv")
 KMeier_DF < - dat
 surv_object <- Surv(time = KMeier_DF$Followup_Duration, event = 
 KMeier_DF$Death_Indicator)
 fitX<-survfit(surv_object ~ x, data = KMeier_DF)
 PlotX<- ggsurvplot(fitX, data = KMeier_DF, pval = TRUE)
 return(PlotX)
}

Answer 1

您遇到的问题的症结实际上是最初要弄清楚的一个艰难的绊脚石：how to pass variable or dataframe column names into a function。我创建了一些示例数据。在下面的示例中，我提供了一个函数，其中包含四个变量，其中一个是您的数据。您可以看到我在列上调用的两种方式，使用[[]] 和[,]，您可以认为它们等同于使用$。在函数之外，它们在，但不在函数内部。 print 函数只是为了向您展示沿途的数据。如果这些对象存在于您的全局环境中，请将它们一一删除，rm(surv_object)，或者将它们全部清除rm(list = ls())。

duration <- c(1, 3, 4, 3, 3, 4, 2)
di <- c(1, 1, 0, 0, 0, 0, 1)
color <- c(1, 1, 2, 2, 3, 3, 4)
KMdf <- data.frame(duration, di, color)

testfun <- function(df, varb1, varb2, varb3) {
  surv_object <- Surv(time = df[[varb1]], event = df[ , varb2])
  print(surv_object)
  fitX <- survfit(surv_object ~ df[[varb3]], data = df)
  print(fitX)
#  plotx <- ggsurvplot(fitX, data = df, pval = TRUE) # this gives an error that surv_object is not found
#  return(plotx)
}

testfun(KMdf, "duration", "di", "color") # notice the use of quotes here, if not you'll get an error about object not found.

更好的是，你还有一个更难的绊脚石：r 如何处理变量和where it looks for them。据我所知，您遇到这种情况是因为ggsurvplot 中有possibly a bug 并查看全局环境中的变量，而不是函数内部。他们关闭了这个问题，但据我所知，它仍然存在。当您尝试运行ggsurvplot 行时，您会收到一个错误，如果您没有提供变量：

Error in eval(inp, data, env) : object 'surv_object' not found.

希望这会有所帮助。如果我是你，我会提交错误报告。

编辑

我希望this solution would help，但它没有。

testfun <- function(df, varb1, varb2, varb3) {
  surv_object <- Surv(time = df[[varb1]], event = df[,varb2])
  print(surv_object)
  fitX <- survfit(surv_object ~ df[[varb3]], data = df)
  print(fitX)
  attr(fitX[['strata']], "names") <- c("color = 1", "color = 2", "color = 3", "color = 4")
  plotx <- ggsurvplot(fitX, data = df, pval = TRUE) # this gives an error that surv_object is not found
  return(plotx)
}

Error in eval(inp, data, env) : object 'surv_object' not found

Answer 2

这是作业，对吧？

首先，您需要先尝试运行代码，然后再将其作为示例提供。您的示例有几个致命错误。 ggsurvplot() 需要图书馆调用 survminer 或被如下召唤：survminer::ggsurvplot()。

您已经定义了一个函数f，但您从未使用过它。在函数定义中，你有一个任性的空间< -。它永远不会奏效。

我建议您首先定义一个计算两个数字之和或连接两个字符串的函数。开始here 或here。然后，您可以回到 Kaplan-Meier 的内容。

其次，在另一个或两个类中，您需要了解函数的三个部分。您将需要了解函数的范围。在开始复制和粘贴之前，您不妨深入了解基础知识。

第三，在您发布另一个问题之前，请阅读How to make a great R reproducible example?。

祝你好运。