将 Rscript 作为 cronjob 运行时文件打开错误答案

【问题标题】：File opening error while running Rscript as cronjob将 Rscript 作为 cronjob 运行时文件打开错误
【发布时间】：2020-05-26 21:30:54
【问题描述】：

我正在尝试将 R 脚本作为具有 conda 环境的 cronjob 运行。从终端运行脚本适用于以下script.sh

/opt/anaconda/anaconda3/envs/{env-name}/bin/Rscript '/ABSOLUTE_PATH/script.R'  >> '/ABSOLUTE_PATH/script.log' 2>&1

但是，将crontab -e 中的作业定义为

30 14 * * * /ABSOLUTE_PATH/script.sh

结果 Error: package or namespace load failed for 'tidyverse' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/opt/anaconda/anaconda3/envs/admenv/lib/R/library/stringi/libs/stringi.so': libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory Execution halted

我尝试过运行它

/opt/anaconda/anaconda3/envs/{env-name}/bin/R '/ABSOLUTE_PATH/script.R' >> '/ABSOLUTE_PATH/script.log' 2>&1

source /opt/anaconda/anaconda3/bin/activate {env-name}; Rscript '/ABSOLUTE_PATH/script.R' >> '/ABSOLUTE_PATH/script.log' 2>&1

这都会导致与 cronjob 相同的错误。在 conda conda remove r-tidyverse; conda install -c r r-tidyverse 中重新安装软件包没有帮助。

使用的 R 版本是 3.6.2 和 Anaconda 4.8.2。我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： r cron anaconda package-managers

【解决方案1】：

感谢 vahvero 的出色回复。问题似乎出在我的 conda 环境中，所以只需按照您的说明重新创建环境即可解决问题！

【讨论】：

【解决方案2】：

您很可能错误地使用了环境。 Conda 不能在 bash 脚本中直接调用，因为它想在 shell 中使用 conda init bash。

我设法通过以下步骤完成了这项工作：

# Create the enviroment to be used
conda create -n r-env r-base r-essentials <other packages, for example r-tidyverse r-dbi>

接下来创建script.sh:

conda activate r-env
Rscript <ABSOLUTE_PATH>/script.R

然后将 cronjob 作为交互式（-i 选项）shell 调用，它允许激活 conda 环境。

# You can use obliviously any time you like
* * * * * bash -i <ABSOLUTE_PATH>/script.sh <any error streams>

用 R 脚本测试

library(tidyverse)
library(DBI)
library(ggplot2)
print("Hello world!")

通过管道传输到外部文件。

【讨论】：