R 降雪：并行应用于表格列答案

【问题标题】：R snowfall : parallel apply on table columnsR 降雪：并行应用于表格列
【发布时间】：2016-05-21 02:38:35
【问题描述】：

我有一个从文本文件获得的包含许多列和行的表 M：

M <- read.table("text.csv",header=TRUE,sep="\t")

按我成功使用的列获得排名：

M <- apply(M,2,rank)

我想加快计算速度，但是在降雪中我没有成功实现这个功能。

我试过了：

library(snowfall)
sfStop()
nb.cpus <- 8
sfInit(parallel=TRUE, cpus=nb.cpus, type = "SOCK")
M <- sfClusterApplyLB(M, rank) # does not work
M <- sfClusterApply(M,2,rank) # does not work
M <- sfClusterApplyLB(1:8, rank,M) # does not work

降雪中M <- apply(M,2,rank)的等价物是什么？

提前感谢您的帮助！

【问题讨论】：

“sfClusterApply”的第二个参数必须是一个函数。它不需要“保证金”参数。

标签： r parallel-processing apply snowfall

【解决方案1】：

这是一个工作示例：

rank_M_df_col_fx=function(i){
  #M<- read.table("text.csv",header=TRUE,sep="\t")
  col_rank=rank(M[,i])
  return(col_rank)
}

M=data.frame(replicate(10,sample(0:100,1000,rep=TRUE)))
n_cols=ncol(M)

library(snowfall)
sfInit(parallel=TRUE) # 
sfExportAll()
rank_results_list=sfLapply(x=c(1:n_cols), fun=rank_M_df_col_fx)
rank_dataframe <- data.frame(matrix(unlist(rank_results_list), nrow=nrow(M), byrow=F))

sfRemoveAll()
sfStop()

但是，在展示了如何做到这一点之后，这是一种快速操作，考虑到启动实例的开销等，并行化可能不会产生明显更快的结果。

【讨论】：

非常感谢您提供这个非常好的答案！我做了一些测试，正如您所指出的，至少在我的示例中，并行代码并不快。
没问题！如果我的回答回答了你的问题，你应该检查它作为正确答案...

【解决方案2】：

降雪中apply 的等价物是sfApply。这是一个例子：

library(snowfall)
sfInit(parallel=TRUE, cpus=4, type="SOCK")
M <- data.frame(matrix(rnorm(40000000), 2000000, 20))
r <- sfApply(M, 2, rank)
sfStop()

在我使用四核的 Linux 机器上，这个示例的运行速度几乎是顺序版本的两倍。考虑到 rank 的计算量不是很大，这还不错。

【讨论】：

【解决方案3】：

非常感谢您的帮助！

我终于结合了 Lucas 和 Steve 的解决方案，得到了我的问题的理想解决方案。

我认为我的代码无法与 M

所以最后对我来说最简单的解决方案是：

M <- read.table("text.csv",header=TRUE,sep="\t")
n_cols=ncol(M)
nb.cpus <- 4
library(snowfall)
sfStop()
sfInit(parallel=TRUE, cpus=nb.cpus, type = "SOCK") 
sfExportAll()
M <- sfApply(M,2,rank)
sfRemoveAll()
sfStop()

【讨论】：

“rank”函数不需要来自全局环境的任何数据即可正常工作，而 Lucas 的答案中的“rank_M_df_col_fx”函数则需要。在您的答案中使用“sfExportAll”只会浪费时间在不会使用的工作人员上创建全局变量。 “sfClusterApply”对你不起作用的原因是它相当于“lapply”，而不是“apply”。
感谢卢卡斯的评论。确实，在排名“sfExportAll”的简单示例中是没有用的。在另一个更复杂的计算中，我需要“sfExportAll”。