在 Docker Alpine 上安装 numpy

Question

我正在尝试在基于 Alpine 3.1 的 docker 容器中安装 numpy。我正在使用以下 Dockerfile：

FROM alpine:3.1
RUN apk add --update make cmake gcc g++ gfortran
RUN apk add --update python py-pip python-dev
RUN pip install cython
RUN pip install numpy

这运行良好，直到pip install numpy 出现以下错误：

error: Command "gcc -fno-strict-aliasing -Os -fomit-frame-pointer -DNDEBUG -Os -fomit-frame-pointer -fPIC -Inumpy/core/include -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/include/numpy -Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -I/usr/include/python2.7 -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -c build/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/npymath/ieee754.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/build/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/npymath/ieee754.o" failed with exit status 1

easy_install-2.7 numpy 给出同样的错误。

我是否缺少任何配置/安装步骤？

Answer 1

只需使用预装了 numpy 的 docker 镜像：https://hub.docker.com/r/adreeve/python-numpy/

Answer 2

如果您不需要从 pypi 安装 numpy，您可以从 alpine 存储库安装它。包名为py-numpy，位于testing 存储库中，请参阅here。适合我的最小 Dockerfile 示例

FROM alpine:3.2
ADD repositories /etc/apk/repositories
RUN apk add --update python python-dev gfortran py-pip build-base py-numpy@community

repositories 文件的内容

http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.2/main
@community http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/edge/community

Answer 3

Alpine 存储库中现在提供了一个包：py3-numpy。但是你不能马上使用它。

py3-numpy 将库安装到/usr/lib/python3.8/site-packages 目录但默认的 Python 模块路径不使用它：

$ docker run -it python:3.8-alpine sh
/ # apk add --update --no-cache py3-numpy
/ # python
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'numpy'
>>> import sys
>>> sys.path
['', '/usr/local/lib/python38.zip', '/usr/local/lib/python3.8', '/usr/local/lib/python3.8/lib-dynload', '/usr/local/lib/python3.8/site-packages']

这可以通过将$PYTHONPATH 环境变量设置为/usr/lib 中site-packages 的路径来解决：

FROM python:3.8-alpine

RUN apk add --update --no-cache py3-numpy
ENV PYTHONPATH=/usr/lib/python3.8/site-packages

Answer 4

通过优化，例如在构建后删除构建依赖项和删除不需要的测试（它们在这里是因为我们正在构建模块，而不仅仅是安装它）：

FROM frolvlad/alpine-python3

RUN apk add --no-cache \
        --virtual=.build-dependencies \
        g++ file binutils \
        musl-dev python3-dev cython && \
    apk add libstdc++ openblas && \
    ln -s locale.h /usr/include/xlocale.h && \
    pip install numpy && \
    rm -r /root/.cache && \
    find /usr/lib/python3.*/ -name 'tests' -exec rm -r '{}' + && \
    find /usr/lib/python3.*/site-packages/ -name '*.so' -print -exec sh -c 'file "{}" | grep -q "not stripped" && strip -s "{}"' \; && \
    rm /usr/include/xlocale.h && \
    apk del .build-dependencies

结果大小 ~157MB。

Answer 5

根据我的docker images，这个大约311MB：

FROM python:3.6-alpine
RUN apk add g++ 
RUN pip install numpy

（同时 python:3.6 本身约为 900MB）

你试过不安装 gcc 吗？可能是矛盾的？不确定。这个对我来说是一个最小的 numpy 安装，并希望分享。

Answer 6

试试这个：

RUN apk --no-cache --update-cache add gcc gfortran python python-dev py-pip build-base wget freetype-dev libpng-dev openblas-dev
RUN ln -s /usr/include/locale.h /usr/include/xlocale.h
RUN pip install pandas

Answer 7

我自己在这方面遇到了一些麻烦，长话短说，我鼓励你问问这是否真的值得麻烦。当您开始向堆栈中添加诸如 pandas、gpus 和 scipy 之类的东西时，Numpy 是巨大的，因此在 alpine 上构建它的好处是有限的，当您的空间为 500MB 时，使用 Debian、Arch 甚至 Ubuntu 所节省的费用相对较少反正这个库。

话虽如此，我还是拼凑了一张可以做到这一点的图像。我需要作为构建时依赖项 musl-dev、linux-headers 和 g++。我还需要从边缘添加 openblas 以在堆栈中稍后添加某些内容，因此可能也需要其中的一些依赖项。但我相信只需将三个以前的库添加到

apk --no-cache add musl-dev linux-headers g++

应该足以防止您遇到的 gcc 错误。您可以在https://hub.docker.com/r/o76923/alpine-numpy-stack/查看图片