栅格包绘图功能的命名空间问题？答案

【问题标题】：Namespace issue with raster package plot function?栅格包绘图功能的命名空间问题？
【发布时间】：2013-01-04 10:55:33
【问题描述】：

我在使用 'raster' 包的 'plot' 功能时遇到了一个奇怪的问题。

library(raster)
ras <- raster(ncol=10, nrow=10)

编辑

values(ras) <- runif(ncell(ras))

结束编辑

plot(ras)

Erreur dans as.double(y) : 
cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'

对于我在网上阅读的内容，此错误取决于用户，并且可能取决于加载的包。就我而言，问题来自于 r 使用 'graphics' 包中的标准 'plot' 方法，而它应该使用特定的 'raster' 方法，因为 'ras' 是 rasterLayer 对象。但是，由于我不明白的原因，'plot' 没有导入到 'raster' 命名空间中，而所有其他函数都是。

> raster::plot
Erreur : 'plot' n'est pas un objet exporté depuis 'namespace:raster'

对比：

raster::persp
standardGeneric for "persp" defined from package "graphics"
function (x, ...) 
standardGeneric("persp")
<environment: 0x0cd9eb80>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods("persp")  for currently available ones.

由于我不完全了解命名空间的行为方式，我正在寻求您的帮助！这种情况你是不是很熟悉，你有办法解决吗？同时，你知道一个显示命名空间内容的函数吗（这样我就可以逐步检查栅格命名空间的内容）？

PS：我在 RStudio 中使用 R 2.15.2，加载了许多包但都是最新的。

sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=French_Belgium.1252  LC_CTYPE=French_Belgium.1252          LC_MONETARY=French_Belgium.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=French_Belgium.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] raster_2.0-41 sp_1.0-5     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] grid_2.15.0      hexbin_1.26.0    intervals_0.13.3 lattice_0.20-6   rgdal_0.8-4      spacetime_1.0-3  spam_0.29-2      tools_2.15.0    
 [9] xts_0.9-2        zoo_1.7-9

谢谢你，

弗朗索瓦

【问题讨论】：

在前三行 Error in .plotraster2(x, col = col, maxpixels = maxpixels, add = add, : no values associated with this RasterLayer 之后出现不同的错误。使用帮助中的示例，看看您是否可以复制您的错误。
我得到了和 mnel 一样的错误...PS : 你可以使用this 有英文的错误信息..
是的，我忘了用数字填充栅格，抱歉。现在它应该可以工作了（或者像我一样失败）。

标签： r namespaces raster

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题，重新安装光栅包解决了它。

install.packages("raster")

【讨论】：

【解决方案2】：

我在同样的错误中运行，也使用 RStudio。

我的问题是我通过library(raster) 在我的项目的.Rprofile 文件中加载了raster 包。但是 Rprofile 中的代码会先于其他任何内容加载，因此 graphics 包（包含通用绘图）在光栅之后加载，导致问题。

解决方案：在 Rprofile 中将 library(graphics) 放在 library(raster) 之前，它对我有用。

【讨论】：

【解决方案3】：

对我来说，解决这个 S4 类命名空间问题的方法是将 raster 包添加为依赖项。因此，使用 attach() 函数也应该可以工作，因为这就是依赖项的作用。我知道这不是一个理想的解决方案，但是嘿，它是一种统计语言；）

【讨论】：

【解决方案4】：

当您有一个陈旧的会话（通常是由于在启动时加载旧会话引起）时，有时会发生这种情况，如果您启动一个新的 R 会话（不加载以前保存的会话），这种情况就会消失。

【讨论】：

我也遇到了同样的问题。我不确定如何加载新会话而不自动加载以前的设置，所以我从工作目录中删除了所有 .R* 文件，它似乎又可以正常工作了。

【解决方案5】：

使用它你可以获得包光栅的所有对象列表

basevals <- ls(pos="package:raster")

例如

   which(basevals == 'persp')  ## function persp shows up because it is the exported generic.
   141
   which(basevals == 'plot')   ## no function plot
   integer(0)

不，当我这样做时，它对我有用：

library(raster)
r <- raster(ncol=10, nrow=10)
values(r) <- runif(ncell(r))
plot(r, main='Raster with 100 cells')

所以这里肯定有情节方法。它不在上一个列表“basevals”中，因为它是一种 S4 方法。

要获得光栅包的绘图方法，试试这个：

 getMethod('plot',signature=signature(x='Raster', y='ANY'))

或更有效地使用

findMethods("plot", "package:raster").

【讨论】：

+1。我忘了这是一个S4问题。那里肯定有 plot 方法，只是不是 S3 方法，因此您的答案的第一部分显示没有绘图方法，而 persp 出现，因为它是导出的泛型。使用findMethods("plot", "package:raster") 可以更有效地完成最后一点。
@GavinSimpson 感谢您的聪明评论！我用它来更新我的答案。
感谢您的回答。我理解我没有找到光栅图方法并不意味着它不存在。但是“getMethod”也没有得到它。 getMethod('plot',signature=signature(x='Raster', y='ANY')) getMethod("plot", signature = signature(x = "Raster", y = "ANY")) 错误：否为函数“绘图”和签名 Raster 找到方法
@fstevens 你能在你的 R 会话中试试这个吗...如果不给我你的 sessionInfo()？
@fstevens 哎呀 ..也许最好是在新的 R 会话中进行......在那里你有更少的包..