如何为探索性数据分析制作“交互式”时间序列图

Question

我有一个类似于下面创建的data 的时间序列数据框。对每个人进行 5 个变量的测量。个人拥有唯一的ID 号码。请注意，在此数据集中，每个人的长度相同（每个人有 1000 个观察值），但在我的真实数据集中，每个人的长度不同（每个人的观察次数不同）。对于每个人，我想将所有 5 个变量相互叠加（即全部在 y 轴上）并将它们与time（x 轴）进行对比。我想将这些图中的每一个打印到某种类型的外部文档（pdf，或为此应用程序推荐的任何内容），每页一个图，这意味着每个人都有自己的页面和一个图。我希望这些时间序列图是“交互式的”，因为我可以将鼠标移到一个点上，它会告诉我 time 各个数据点的位置。我这样做的目标是探索 5 个变量之间的峰、谷和其他区域之间的关联。我不确定ggplot2 是否仍然是最好的应用程序，但我仍然希望情节具有美学吸引力，以便更容易看到数据中的模式。另外，将这些图粘贴到 pdf 是最明智的路线吗？还是我最好使用 R 笔记本或其他应用程序？

ID <- rep(c("A","B","C"), each=1000)
time <- rep(c(1:1000), times = 3)
one <- rnorm(1000)
two <- rnorm(1000)  
three <- rnorm(1000)
four <- rnorm(1000)
five<-rnorm(1000)
data<- data.frame(cbind(ID,time,one,two,three,four,five))

Answer 1

尝试使用plotly 包。而且由于您希望它具有交互性，因此您需要导出为 html 而不是 pdf 之类的内容。

生成单面图（注意我在您的样本数据中添加了stringAsFactors = FALSE）：

library(tidyverse)
library(plotly)

ID <- rep(c("A","B","C"), each=1000)
time <- rep(c(1:1000), times = 3)
one <- rnorm(1000)
two <- rnorm(1000)  
three <- rnorm(1000)
four <- rnorm(1000)
five<-rnorm(1000)
data<- data.frame(cbind(ID,time,one,two,three,four,five),
                  stringsAsFactors = FALSE)

data_long <- data %>% 
  gather(variable,
         value,
         one:five) %>%
  mutate(time = as.numeric(time),
         value = as.numeric(value))

plot <- data_long %>% 
  ggplot(aes(x = time, 
             y = value, 
             color = variable)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(~ID)

interactive_plot <- ggplotly(plot)

htmlwidgets::saveWidget(interactive_plot, "example.html")

如果您想以编程方式为每个ID 生成和导出交互式绘图：

walk(unique(data_long$ID),
    ~ htmlwidgets::saveWidget(ggplotly(data_long %>% 
                                filter(ID == .x) %>% 
                                ggplot(aes(x = time, 
                                           y = value, 
                                           color = variable)) +
                                geom_point() +
                                labs(title = paste(.x))),
                              paste("plot_for_ID_", .x, ".html", sep = "")))

编辑：我将 map() 更改为 walk()，以便在没有控制台输出的情况下生成绘图（以前只是一个包含 3 个空元素的列表）。