R中的警告 - 做笔记

Question

我正在尝试在 R 中运行一个函数 (glm) 1000 次（每次输入略有不同）。有时我会收到警告（因为发生了分离） - 我要做的就是计算这种情况发生了多少次（所以在 1000 次迭代中有多少次我收到警告“glm.fit：拟合概率为 0 或 1 发生")。

所以我的代码大致如下：

warningCount <- 0
for(i in 1:1000) {
  [generate data]
  glm(y ~ ., family="binomial", data=generated_data)
  if( I got the warning ) warningCount <- warningCount + 1
}

我只是想知道如果（我收到警告）正确地写这行。

谢谢

Answer 1

您可以使用tryCatch 正确获取警告：

lapply(1:1000, function(u){
    [generate some data]
    tryCatch(glm(y ~ ., family="binomial", data=generated_data),
             warning = function(w) list(glm(y ~ ., family="binomial", data=generated_data), w)
})

在这里它会同时捕获警告和结果，但您只能在需要时捕获警告。

Answer 2

我会使用tryCatch() 来捕捉、检查并根据警告采取行动。

## A function that randomly emits one of two warnings
f <- function() if(runif(1) > .7) warning("Ouch") else warning("Hmmm")

## A function to catch and process warnings, adding to a global counter
## when one of them includes the string "Ouch"
saidOuch <- function(w) {
    if(grepl("Ouch", as.character(w))) {ww <<- ww+1}
}

## Run your analyses, each wrapped in a tryCatch()
ww <- 0
for(i in 1:100) tryCatch(f(), warning = saidOuch)
ww
## [1] 32

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对于您的具体情况，如果您决定不处理 some other way 中的完美分离问题，您可以使用如下函数捕获和计算警告：

perfectSeparation <- function(w) {
    if(grepl("fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred",
             as.character(w))) {ww <<- ww+1}
}

## Test it with a function that will fit glm's that often emit the warning of interest
fitglm <- function() {
    dat <- data.frame(x=rnorm(3), y=sample(0:1, 3, replace=TRUE))
    glm(y~x, data=dat, family="binomial")
}
ww <- 0
for(i in 1:100) tryCatch(fitglm(), warning = perfectSeparation)
ww
# [1] 45