带有两个数组的嵌套循环答案

【问题标题】：Nested loop with two arrays带有两个数组的嵌套循环
【发布时间】：2011-11-05 22:11:29
【问题描述】：

我有两组元素数量可变的数组，例如：

链=(B C)

hresname=(BMA MAN NAG NDG)

我正在解析许多文件，这些文件可能在给定位置包含来自数组链的元素，在不同位置包含数组 hresname 的元素（在这两种情况下位置始终是固定的）。这是数据样本：

ATOM   5792  CB  MET D 213      49.385  -5.683 125.489  1.00142.66           C  
ATOM   5793  CG  MET D 213      50.834  -5.674 125.990  1.00154.50           C  
ATOM   5794  SD  MET D 213      51.530  -7.337 126.277  1.00164.73           S  
ATOM   5795  CE  MET D 213      52.854  -7.386 125.068  1.00169.73           C  
HETATM 5797  C1  NAG B 323      70.090  50.934 125.869  1.00 86.35           C  
HETATM 5798  C2  NAG B 323      69.687  52.074 126.879  1.00 95.95           C  
HETATM 5799  C3  NAG B 323      68.377  52.740 126.390  1.00 87.65           C  
HETATM 5800  C4  NAG B 323      68.598  53.314 125.014  1.00 83.97           C

首先我需要复制以 ATOM 开头的行，其第 5 列与数组链中的每个元素匹配到单独的文件：

while read pdb ; do

for c in "${chain[@]}" ; do
#if [ ${#chain[@]} -eq 1 ] && \
if [ $(echo "$pdb" | cut -c1-4) == "ATOM" ] && \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ]; then   
echo "$pdb" >> ../../properpdb/${pdbid}_${chain[$c]}.pdb
fi
done

done < ${pdbid}.pdb

这很好用（缓慢但肯定）。注释版本和未注释版本都有效。

接下来我想复制以 HETATM 开头并且其第 4 列与 hresname 的元素匹配的行，但前提是这些行也与第 5 列的链数组中的元素匹配：

while read pdb ; do

for c in "${chain[@]}" ; do
for h in "${hresname[@]}" ; do
if [ ${#chain[@]} -eq 1 ] && \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c1-6) == "HETATM" ] && \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c18-20) == "${hresname[$h]}" ] ; then
echo "$pdb" >> ../../properpdb/${pdbid}_${chain[$c]}.pdb
fi
done
done

done < ${pdbid}.pdb

但是，这不起作用。我反复收到错误：

line 66: [: too many arguments

第 66 行是：

   [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] \

这让我感到困惑，因为即使我将循环限制为包含单个元素的链数组，也会发生错误。

根据其他 StackOverflow 问题，应该完全可以在 bash 中执行此操作。知道问题可能是什么吗？

【问题讨论】：

标签： arrays bash loops nested

【解决方案1】：

你要添加&&，更改这一行：

[ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] \

到

[ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] &&\

更新：您的脚本中有太多错误，我已修复它，现在可以正常工作了。我建议你先阅读 bash 手册中的 for 循环语法。

chain=(B C)                                                                                                                                
hresname=(BMA MAN NAG NDG)
while read pdb ; do
    for c in ${chain[@]} ; do
        for h in ${hresname[@]} ; do
            if [ $(echo "$pdb" | cut -c1-6) == "HETATM" ] && \
               [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "$c" ] && \
               [ $(echo "$pdb" | cut -c18-20) == "$h" ] ; then
                echo "$pdb" >> ../../properpdb/${pdbid}_${chain[$c]}.pdb
            fi
        done
    done
done

【讨论】：