如何阻止 bash 循环遍历循环期间创建的文件？答案

【问题标题】：How to stop bash loop from looping over files created during the loop?如何阻止 bash 循环遍历循环期间创建的文件？
【发布时间】：2021-11-21 08:41:34
【问题描述】：

我想对目录中特定扩展名的所有文件运行循环：

for i in *.bam
do
...
done

但是，如果我在循环中运行的命令创建了一个具有相同扩展名的临时文件，则循环也会尝试处理这个新的 tmp 文件。这是不希望的。因此，我认为以下方法可以解决问题：首先列出目录中的所有 *.bam 文件，将该列表保存到一个变量中，然后遍历这个保存的列表：

list_bam=$(for i in *.bam; do echo $i; done)

for i in $list_bam
do
...
done

令我惊讶的是，这遇到了同样的问题！有人可以解释一下这背后的逻辑以及如何解决它，以便循环只处理预先存在的 .bam 文件吗？

【问题讨论】：

echo $list_bam 没有给出列表。它只是给出*.bam。您可能必须将列表保存到文件并从中读取。
当我在我的目录中运行list_bam=$(for i in *.bam; do echo $i; done)，然后调用echo $list_bam，我得到了文件名列表。
但是，如果我在循环中运行的命令创建了一个具有相同扩展名的临时文件，那么循环也会尝试处理这个新的 tmp 文件。 那是不可能的。
这对我来说似乎也是不可能的，这就是我如此困惑的原因。
我无法重现此问题。一个示例命令 for i in *.bam; do cp $i bu.$i; echo $i; sleep 0.1; done 仅适用于初始文件，正如人们所期望的那样。

标签： bash loops

【解决方案1】：

您或许应该确保您的通配表达式 *.bam 之后不会被解释为：

list_bam=$(ls *.bam)

...

...但是，正如@glenn 在 cmets 中所注意到的，这是一个坏主意。应该使用find ... -print0 | xargs -0 ... 命令模板进行类似的操作。

【讨论】：

Why you shouldn't parse the output of ls -- list_bam=(*.bam) 然后for bam_file in "${list_bam[@]}" ...
很好看。我相应地完善了答案。
谢谢！这实际上解决了我现在的问题，我稍后会尝试实现find ... | xargs ...版本。

【解决方案2】：

你可以使用 find 和 xargs 来代替循环

find . -maxdepth 1 -type f -name "*.bam" -print0 | \
   xargs -0 -I{} bash -c 'echo "{}" > "{}.new.bam"'

或

find . -maxdepth 1 -type f -name "*.bam" -print0 | \
   xargs -0 -I{} bash -c 'echo "$1" > "$1.new.bam"' -- {}

示例：

$ touch a.bam b.bam
$ ls 
a.bam  b.bam
$ find . -maxdepth 1 -type f -name "*.bam" -print0 | \
    xargs -0 -I{} bash -c 'echo "{}" > "{}.new.bam"' 
$ ls
a.bam  a.bam.new.bam  b.bam  b.bam.new.bam

【讨论】：

谢谢！我会尝试实现这个:)