如何使用 Bash 脚本循环遍历两个文件 [重复]

Question

我有一个包含以下名称的文件 (file_in.txt)：

aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml
aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml

我还有另一个文件 (file_out.txt)，名称如下：

aphid_splitseq_1
aphid_splitseq_2
aphid_splitseq_3
aphid_splitseq_4
aphid_splitseq_5

现在我想要这样的陈述

java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out results/aphid_splitseq_1 -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat 

基本上，我想遍历file_in.txt 和file_out.txt 中的每一个，并将-in 和-out 的值分别替换为i 和j。

我已经在 Bash 中尝试过，但它似乎不起作用：

for i in `cat file_in.txt`
    for j in `cat file_out.txt`; do
        java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in $i -out results/$j -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat
    done
done

Answer 1

paste 可能会有所帮助：

#!/bin/bash

paste file_in.txt file_out.txt | while read if of; do
  echo "-in $if -out $of"
done

产量：

-in aphid_splitseq.1.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_1
-in aphid_splitseq.2.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_2
-in aphid_splitseq.3.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_3
-in aphid_splitseq.4.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_4
-in aphid_splitseq.5.fasta.annot.xml -out aphid_splitseq_5

您可以修改它以获得所需的行为。

Answer 2

只要两个您的列表只是重复具有连续数字的同种名称，您根本不应该遍历文件。相反，只需计算一个变量并在每一步执行的任何命令中使用它。示例：

COUNT=1
while [ $COUNT -lt 5 ]; do
  mv inputfile$COUNT outputfile$COUNT
  let COUNT++
done

Answer 3

同时使用

     While read line 
     do 
       line=$(echo -ne $line | sed or awk)
     done < Directory/filename.t