将 for 循环的输出保存到文件答案

【问题标题】：Saving output of a for-loop to file将 for 循环的输出保存到文件
【发布时间】：2010-12-13 15:23:17
【问题描述】：

我打开了一个包含爆炸结果的文件，并将结果以 fasta 格式打印到屏幕上。

代码如下：

result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml")

from Bio.Blast import NCBIXML
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
blast_record = blast_records.next()
for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        print '>', alignment.title
        print hsp.sbjct

这会将 fasta 文件列表输出到屏幕上。但是如何创建文件并将 fasta 输出保存到该文件中？

更新：我想我必须用 something.write() 替换循环中的打印语句，但是我们编写的 '>'、alignment.title 将如何？

【问题讨论】：

标签： python file loops save

【解决方案1】：

首先，创建一个文件对象：

f = open("myfile.txt", "w") # Use "a" instead of "w" to append to file

您可以打印到文件对象：

print >> f, '>', alignment.title
print >> f, hsp.sbjct

或者你可以写信给它：

f.write('> %s\n' % (alignment.title,))
f.write('%s\n' % (hsp.sbjct,))

然后你就可以关闭它了：

f.close()

【讨论】：

所有打开文件后的操作都应该用try ... finally包裹起来，以确保正确关闭文件
在一个长时间运行的过程中，是的，在一个简单的脚本中没有关系，因为脚本退出时文件将被关闭。

【解决方案2】：

类似的东西

with open("thefile.txt","w") as f
  for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
      f.write(">%s\n"%alignment.title)
      f.write(hsp.sbjct+"\n")

最好不要使用print >>，因为这在 Python3 中不再适用

【讨论】：

【解决方案3】：

您可以使用with statement 确保文件将被关闭

from __future__ import with_statement

with open('/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml', 'w') as outfile:
    from Bio.Blast import NCBIXML
    blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
    blast_record = blast_records.next()
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            outfile.write('>%s\n%s\n' % (alignment.title, hsp.sbjct))

或使用try ... finally

outfile = open('/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml', 'w')
try:
    from Bio.Blast import NCBIXML
    blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
    blast_record = blast_records.next()
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            outfile.write('>%s\n%s\n' % (alignment.title, hsp.sbjct))
finally:
    outfile.close()

【讨论】：

【解决方案4】：

有两种通用方法。在python之外：

python your_program.py >output_file.txt

或者，在 Python 内部：

out = open("output_file.txt", "w")
for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        print >>out, '>', alignment.title
        print >>out, hsp.sbjct
out.close()

【讨论】：

【解决方案5】：

由于某种原因，上面由 OP 发布的代码对我不起作用.. 我修改了一下

from Bio.Blast import NCBIXML
f = open('result.txt','w')
for record in NCBIXML.parse(open("file.xml")) :
    for alignment in record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            f.write(">%s\n"%alignment.title)
            f.write(hsp.sbjct+"\n")

【讨论】：