在 R NMF 包中保存 foreach 循环的输出答案

【问题标题】：Save output of foreach loop in R NMF package在 R NMF 包中保存 foreach 循环的输出
【发布时间】：2016-09-21 17:50:04
【问题描述】：

我很抱歉，因为我知道以前有人问过这个问题，但我尝试了大多数答案都没有帮助。

我正在使用 foreach 包对一组数据运行 NMF 算法循环。我是他们试图使用 ExtractFeatures 函数提取一组基础名称，该函数将每次运行输出为您确定的等级的列表（在我的示例中为 3）。

下面是我的代码（我使用了 NMF Vignette 中的示例数据集）：

library("NMF")
library("doParallel")
library("foreach")

#load vignette dataset and shorten it for time's sake
data(esGolub)
esGolub <- esGolub[1:200,]

#output matrix
Extract_Genes <- matrix()

#set cores
registerDoParallel(cores = 3)

#Loop NMF runs and extract features
foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{
  i <- nmf(esGolub, 3, nrun = 1)
  Extract_Genes <- extractFeatures(i, format = "list")
}

这会输出提取的基因列表，如下所示：

[[1]]
[[1]][[1]]
[1]  43 120 128 130

[[1]][[2]]
[1]  94   1 112  42   8  64  96 182  59  41  69  25  26

[[1]][[3]]
[1]  39  74   2  91 190 167 103 129 174

3 次运行 3 次，但不保存。有人对我如何保存这些输出有任何建议吗？

提前谢谢你，J

【问题讨论】：

我想你在找myList <- foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{。
@Jim lmo 给了你答案，我也不会在循环中使用 i 尝试使用其他东西，比如 jimmy
Imo 和学习者，好的，谢谢您的帮助

标签： r loops foreach matrix-factorization

【解决方案1】：

Imo 的评论效果很好：

myList <- foreach(i =1:4, .packages = "NMF") %dopar%{

【讨论】：