如何从 rJython 导入站点包？答案

【问题标题】：How to import a site-package from rJython?如何从 rJython 导入站点包？
【发布时间】：2013-05-12 05:57:39
【问题描述】：

我正在尝试使用 rJython 包从 R 调用 Python 的 openopt 包中的一些函数。我在我的 64 位 Windows 7 上为 Python 2.7.4 安装了 NumPy、SciPy 和 OpenOpt。从 Python 导入 openopt 是可以的。

但是，当我运行代码时：

library(rJython)
rJython <- rJython(modules='openopt')
rJython$exec("from openopt import GLP")

我遇到了错误：

.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
ImportError: No module named openopt

当然，我检查了 Python 环境的 sys.path 值：

rJython$exec("import sys")
rJython$exec("pname = sys.path")
jython.get(rJython, "pname")

但我得到了：

[1] "C:\\Users\\myname\\Documents\\R\\win-library\\2.15\\rJython\\Lib"            
[2] "C:\\Users\\myname\\Documents\\R\\win-library\\2.15\\rJython\\jython.jar\\Lib"
[3] "__classpath__"                                                                 
[4] "__pyclasspath__/"                                                              
[5] "openopt"                                                                       
[6] "C:/Users/myname/Documents/R/win-library/2.15/rJython"

这些绝对不像 Python 本身中 sys.path 的值。所以我通过以下方式扩展了 sys.path：

rJython$exec("sys.path.extend(['C:\\Python27\\lib\\site-packages\\openopt-0.45-py2.7.egg'])")

然后看来我需要将numpy添加到sys.path：

Error in .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\__init__.py", line 10, in <module>
    from oo import *
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\oo.py", line 4, in <module>
    from LP import LP as CLP
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\LP.py", line 1, in <module>
    from baseProblem import MatrixProblem
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\baseProblem.py", line 2, in <module>
    from numpy import *
ImportError: No module named numpy

然后我在 rJython 中扩展了 Python 的 sys.path 列表中的所有内容。但我仍然得到更多信息：

Erro in .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\__init__.py", line 10, in <module>
    from oo import *
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\oo.py", line 4, in <module>
    from LP import LP as CLP
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\LP.py", line 1, in <module>
    from baseProblem import MatrixProblem
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\baseProblem.py", line 2, in <module>
    from numpy import *
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\__init__.py", line 154, in <module>
    import add_newdocs
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\lib\__init__.py", line 4, in <module>
    from type_check import *
  File "C:\Python27\lib\site-packages

好的。主要问题是：似乎我无法从站点包中导入模块。我绝对可以在 Python2.7.4 中导入基本模块。有什么建议吗？

【问题讨论】：

标签： python r numpy import scipy

【解决方案1】：

rJython 是一个不调用 Python 而是调用Jython 的包，这不完全一样。特别是Jython programs cannot currently use CPython extension modules written in C，仅限纯 Python 中的那些。

这就是 NumPy 和 SciPy 都不能通过 rJython 调用的原因。

但是，rPython，一个与 rJython 具有完全相同接口的包确实与 true Python 交互。你应该试试。

但有一点需要注意：它目前只能在 UNIX (Linux/Mac/...) 环境中运行，不能在 Windows 上运行。可以将它安装在 Windows 上，并且有一些关于在此类平台上安装它的说明，但涉及一些脚本的手动配置（本质上是指示要使用哪个版本的 Python 以及它所在的路径）和编译。

【讨论】：