有没有办法在 gnuplot 中使用通配符？

Question

我有多个文件命名如下：blast_sample1_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_016593_filter.txt

变化的部分是“sample#”（样品）和“NC_#”（参考），用粗体表示。 每个参考有 35 个样本。 我编写了以下命令，使用 35 个样本的数据为参考 NC_016593 生成图：

filename(n) = sprintf("blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_016593_filter.txt", n)
plot for [i=01:35] filename(i) using 9:3:($10-$9):($3-$3) with vectors nohead

对于每一个参考我都想做一个情节，因此为此我想写一个使用通配符的通用命令。有没有办法直接在gnuplot中做到这一点？是否可以使用通配符仅修改“NC_#”部分（如 shell 脚本中的 *，类似 NC_*）？

谢谢。

Answer 1

这在 gnuplot 中是无法直接实现的。但是，您可以使用系统调用来获取要绘制的文件列表：

filelist=system("ls *.csv")
plot for [filename in filelist] filename using 1:2

因此，这里有一个示例，它为每个样本编号创建一个带有所有引用的图：

do for [i=1:35] { 
    cmd = sprintf("ls blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt", i)
    filelist=system(cmd)
    plot for [filename in filelist] filename using ...
}

如果您希望每个参考一个包含所有样本的图，如果参考编号不是一个简单的系列，则变得更加困难。如果您想将所有内容都绘制在一个大图中，可以使用

ls blast_sample*_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt

（这是 Linux。对于 Windows，您需要 dir \B ...）

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编辑： 这个问答快三年了，直到最近的评论出现，我才注意到评论中的附加问题。

不清楚您所说的输出名称是什么意思。文件名？每条曲线的标签？剧情标题？

一般情况下是可以的

set terminal pdfcairo
do for [i=1:35] { 
    cmd = sprintf("ls blast_sample%d_454LargeContigs.fna.fas_vs_NC_*_filter.txt", i)
    filelist=system(cmd)
    set output sprintf("Sample_%d.pdf", i)

    title= sprintf("This is the title for plot %d", i)
    plot for [filename in filelist] filename using ... title sprintf("This data comes from %s", filename)
}
unset output

任何返回字符串的函数都可以用来构建你的字符串。

虽然样本编号被称为数字，但如果您想使用它，提取参考编号（在“NC”之后）有点棘手。 Gnuplot 有一些rudimentary string functions，这可能允许这样做。

如果参考编号始终具有相同的长度，我将使用 substr(filename,strlen(filename)-a,strlen(filename)-b) 和 a 和 b 的正确值来提取此编号。

如果没有，我会使用substr获取一个从参考号开始的字符串（位置可以计算），然后使用strstrt搜索_的第一次出现，然后剪掉串到这个位置。将此任务传递给外部命令行程序可能更容易。 Linux 的cut 可以轻松完成这项工作。