输入错误：预期“--nodes”至少有 1 个有效项目，但有 0 []

Question

我在这里阅读了很多关于这个问题的文章，但我似乎仍然无法解决这个问题。我一直在尝试在我拥有的一些大型基因组数据 CSV 上使用 Neo4j-import，但它似乎无法识别这些文件。我的命令行输入如下：

user@LenovoPC ~/.config/Neo4j Desktop/Application/neo4jDatabases/database-2f182948-e170-45b1-b9f4-19d236ff5d43/installation-3.5.1 $ \
bin/neo4j-import --into data/databases/graph.db --id-type string \
--nodes:Allele variants.csv --nodes:Chromosome chromosome.csv --nodes:Phenotype phenotypes.csv \
--nodes:Sample samples.csv --relationships:BELONGS_TO variant_chromosomes.csv \
--relationships: sample_phenotypes.csv --relationships:ALTERNATIVE_TO variant_variants.csv \
--relationships:HAS sample_variants50-99.csv.gz

但我收到以下错误：

WARNING: neo4j-import is deprecated and support for it will be removed in a future version of Neo4j; please use neo4j-admin import instead.
Input error: Expected '--nodes' to have at least 1 valid item, but had 0 []

Caused by:Expected '--nodes' to have at least 1 valid item, but had 0 []
java.lang.IllegalArgumentException: Expected '--nodes' to have at least 1 valid item, but had 0 []
    at org.neo4j.kernel.impl.util.Validators.lambda$atLeast$6(Validators.java:144)
    at org.neo4j.helpers.Args.validated(Args.java:670)
    at org.neo4j.helpers.Args.interpretOptionsWithMetadata(Args.java:637)
    at org.neo4j.tooling.ImportTool.extractInputFiles(ImportTool.java:623)
    at org.neo4j.tooling.ImportTool.main(ImportTool.java:445)
    at org.neo4j.tooling.ImportTool.main(ImportTool.java:380)

我包含了文件路径，因为我使用的是 Neo4j Desktop，但不确定这是否具有不同的文件结构？我的 csv 文件存储在导入文件夹中（但我在当前文件夹和 graph.db 文件夹中也有副本以防万一）。

导入目录如下：

user@LenovoPC ~/.config/Neo4j Desktop/Application/neo4jDatabases/database-2f182948-e170-45b1-b9f4-19d236ff5d43/installation-3.5.1/import $ dir
chromosomes.csv        samples.csv          variants.csv
phenotypes.csv         sample_variants50-99.csv.gz  variants.csv.gz
sample_phenotypes.csv  variant_chromosomes.csv      
variant_variants.csv

我只能假设这是我的文件路径，但我已经尝试了很多替代方案，但都没有运气。如果有人能阐明问题所在，我将不胜感激！

Answer 1

最好是cd进入桌面目录，将csv文件放入import文件夹中。

那么你可以这样做：

cd ~/.config/Neo4j Desktop/Application/neo4jDatabases/database-2f182948-e170-45b1-b9f4-19d236ff5d43/installation-3.5.1

bin/neo4j-import --into data/databases/graph.db --id-type string \
--nodes:Allele import/variants.csv \
--nodes:Chromosome import/chromosome.csv \
--nodes:Phenotype import/phenotypes.csv \
--nodes:Sample import/samples.csv \
--relationships:BELONGS_TO import/variant_chromosomes.csv \
--relationships import/sample_phenotypes.csv \
--relationships:ALTERNATIVE_TO import/variant_variants.csv \
--relationships:HAS import/sample_variants50-99.csv.gz

还有一些注意事项：

• HAS 是一种非常通用的关系类型
• 我在这里省略了冒号：--relationships import/sample_phenotypes.csv不确定文件中是否有 rel 类型
• 这是一个文件吗？ --relationships:HAS import/sample_variants50-99.csv.gz