perl 脚本在两个文件中查找匹配的行答案

【问题标题】：perl script to find matching lines in two filesperl 脚本在两个文件中查找匹配的行
【发布时间】：2015-04-04 15:29:06
【问题描述】：

我有两个看起来像（如下）的文件，并且想要从第二个文件中的第一个文件中查找字段，但打印第二个文件的每个字段。

#rs116801199 720381
#rs138295790 16057310
#rs131531 16870251
#rs131546 16872281
#rs140375 16873251
#rs131552 16873461

和

#--- rs116801199 720381 0.026 0.939 0.996 0 -1 -1 -1
#1 rs12565286 721290 0.028 1.000 1.000 2 0.370 0.934 0.000
#1 rs3094315 752566 0.432 1.000 1.000 2 0.678 0.671 0.435
#--- rs3131972 752721 0.353 0.906 0.938 0 -1 -1 -1
#--- rs61770173 753405 0.481 0.921 0.950 0 -1 -1 -1

我的脚本如下：

#! perl -w

my $file1 = shift@ARGV;

my @filtered_snps;
open (IN, $file1) or die "couldn't read file one";
while(<IN>){
    my@L=split;
    #next if ($L[0] =~ m/peak/);
    push @filtered_snps,[$L[0],$L[1]];

}
close IN;

my $file2 = shift@ARGV;

my @snps;
open (IN, $file2);
while (<IN>){
    my@L=split;
    foreach (@filtered_snps){

        if (($L[1] eq ${$_}[0]) && ($L[2] == ${$_}[1])) {

            print "@L\n";

            next;
        }
    }
}

当我应该从文件 1 中找到每一行时，我没有得到任何输出。我也尝试了 grep，但没有成功。

【问题讨论】：

标签： perl string-matching

【解决方案1】：

在第一个 while 中，您分配给错误的数组，您的意思是 @L 这里。

然后，您的第一个数组（来自第一个文件）和其他数组中有完全不同的字符串。尝试在您的 for-iteration 中将它们都打印出来。你会发现它们无法匹配。

【讨论】：

【解决方案2】：

从第一个文件创建项目的哈希表，然后遍历第二个文件并检查该 rs-name 是否存在...我也在确认该数字与名称匹配。

use strict;
use warnings;

my %hash;
my $regex = qr/#.* *(rs\d+) (\d+) *.*/;

open my $file1, '<', shift @ARGV;
while (<$file1>) {
    my ($name, $num) = $_ =~ $regex;
    $hash{$name} = $num;
}
close $file1;

open my $file2, '<', shift @ARGV;
while (<$file2>) {
    my ($name, $num) = $_ =~ $regex;
    print if (exists $hash{$name} and $hash{$name} = $num)
}
close $file2;

【讨论】：

问题是我确定 file1 中的所有名称都存在于 file2 中。我只需要拉出 file2 中具有这些 rsID 和数字的行。 File2 比 file1 大得多，并且有我不想要的其他 rsID。
这正是我的脚本所做的......它打印file2中存在于file1中的行。它不会打印 file2 中不在 file1 中的行。