如何在data.table的j中正确使用ifelse()？

Question

我的目标是做到以下几点：

我有一个超过 100 万行和 4 列的 data.table。我想添加带有“1”或“0”的第五列，具体取决于以下条件：如果第 3 列为零，后跟第 3 列的下一行中的任何非零值（如滑动长度为 2) 的窗口，则应将“1”添加到第 5 列，否则应添加“0”。此二进制在第 5 列中的行位置应与非零值相同。此外，我想根据一个键（即列的子集）来执行此操作，如下面的代码所示。

我无法在 data.table 中实现这一点（我刚刚开始使用它）。我编写了以下代码，它可以满足我的要求，但是速度非常慢（> 5 s /迭代）：

# all_movement_fit_tidy is a data.table with dim 1.2 mio x 4
# set key "fly" in all_movement_fit_tidy
setkey(all_movement_fit_tidy, fly)
genotypes <- unique(all_movement_fit_tidy$fly)
DT_list <- list()
i <- 1
for(genotype in genotypes){

# Get subset of data.table by genotype
genotype_movement <- all_movement_fit_tidy[genotype]

# Calculate initiation list - figure out how to do this in data.table
initiation <- list()
for(j in 1:(nrow(genotype_movement) - 1)){

  initiation[j] <- ifelse(genotype_movement[j, "mm"] == 0 & 
  genotype_movement[j + 1, "mm"] != 0, 1, 0)
}

# Add a 0 to the end of the list to equal number of rows,
# then bind it to genotype_movement
initiation[length(initiation) + 1] <- 0
genotype_movement <- cbind(genotype_movement, as.numeric(initiation))
colnames(genotype_movement)[5] <- "initiation"

# Save this data table in a list of data.tables (DT_list)
DT_list[[i]] <- genotype_movement

i <- i + 1
}

之后，我会将携带所有data.tables的DT_list的所有条目绑定到一个data.table中。这段代码这么慢的原因是以下部分：

initiation <- list()
for(j in 1:(nrow(genotype_movement) - 1)){

 initiation[j] <- ifelse(genotype_movement[j, "mm"] == 0 & 
 genotype_movement[j + 1, "mm"] != 0, 1, 0)
}

在这里，我循环遍历 data.table 子集的每一行，并将 ifelse() 函数的结果分配给一个列表。如何在 data.table 的 j 参数中执行此操作？我尝试过类似的方法：

genotype_movement[, initiation := function(x) for(i in 
1:nrow(genotype_movement) ifelse(.SD[i, "mm"] == 0 & .SD[i + 1, "mm" != 
0, 1, 0)]

但这不起作用，因为 ifelse() 函数返回无法分配给初始列的单个值。

Answer 1

你掉进了兔子洞。这是向上的方式：

DT[, col5:= shift(col3, fill = -1) == 0 & col3 != 0]

# or
DT[, col5:= shift(col3, fill = -1) == 0 & col3 != 0, keyby = key(DT)]