如何在嵌套模型的emmeans中使用转换后的参考网格？答案

【问题标题】：How to use a transformed reference grid in emmeans from a nested model?如何在嵌套模型的emmeans中使用转换后的参考网格？
【发布时间】：2021-10-20 23:49:51
【问题描述】：

我一直在尝试使用对数转换的参考网格来获得与emmeans 的成对平均比率（遵循先前问题here 的建议解决方案）。

但是，我有一个嵌套模型，我不知道如何让函数 confint 和 pairs 在从嵌套模型创建的对数转换参考网格上工作。这是一个使用来自emmeans messy data vignette 的嵌套示例的示例：

cows <- data.frame (
  route = factor(rep(c("injection", "oral"), c(5, 9))),
  drug = factor(rep(c("Bovineumab", "Charloisazepam", 
                      "Angustatin", "Herefordmycin", "Mollycoddle"), c(3,2,  4,2,3))),
  resp = c(34, 35, 34,   44, 43,      36, 33, 36, 32,   26, 25,   25, 24, 24)
)

cows.lm <- lm(resp ~ route + drug, data = cows)
cows.lrg <- ref_grid(cows.lm, transform="log")
#NOTE: A nesting structure was detected in the fitted model:
#    drug %in% route

confint(cows.lrg, type="response")
#Error in object@linfct[use.elts, , drop = FALSE] : 
#  (subscript) logical subscript too long

pairs(cows.lrg, type = "response", infer = c(TRUE, TRUE), adjust = "none")
#Error in x@linfct[i, , drop = FALSE] : subscript out of bounds

我做错了什么？

【问题讨论】：

什么是rlog？除非我是盲人，否则我看不出你在哪里定义它
哎呀抱歉 - 你不是盲人，但显然我是！我复制了错误的代码...现在编辑。
我同时发布了一个答案；并对其进行了更新，使其对您修改后的问题有意义。

标签： r emmeans

【解决方案1】：

好的，我发现regrid() 函数中有一个错误。如果你甚至做summary(cows.lrg)，你会得到一个错误。问题是嵌套结构可能涉及参考网格中的一些“幻像”行，这些行没有被regrid() 保留。这是一种破解它的方法，但它并不漂亮：

cows.lrg@linfct = matrix(0, nrow = 10, ncol = 5)
cows.lrg@linfct[cows.rg@misc$display, ] = diag(5)
cows.lrg@misc$display = as.logical(cows.lrg@grid$.wgt.)

现在我们有

> summary(cows.lrg)
 route     drug           prediction SE df
 oral      Angustatin           3.53 NA  9
 injection Bovineumab           3.54 NA  9
 injection Charloisazepam       3.77 NA  9
 oral      Herefordmycin        3.24 NA  9
 oral      Mollycoddle          3.19 NA  9

Results are given on the log (not the response) scale.

不幸的是，我们仍然没有有效的协方差值，这使得 SE 全部为 NA。

我会努力解决这个问题，并在 emmeans 的 GitHub 存储库上对其进行更新。可能需要一段时间；不幸的是，我今天早上刚刚将包的更新上传到 CRAN，根据墨菲的错误时机定律，它没有解决这个问题。

【讨论】：

谢谢！！期待 GitHub 上的更新，同时有一些小技巧有助于继续进行预测。
@corn_bunting 我创建了一个issue for this on GitHub——所以请参考。我相信我已经修复了它，您可以使用代码页面上的说明安装更新。奇怪的是，这将是对版本 1.6.3 的更新，该版本尚未出现在 CRAN 上。如果 CRAN 出于某种原因拒绝 1.6.3，我也会合并这些更改。
太棒了——我已经安装了它，它可以工作了，感谢你这么快修复它。我仍然在获取比率而不是与嵌套变量的对比差异方面存在问题（即pairs(emmeans(cows.lrg,~drug),type="r") 而不是pairs(emmeans(cows.lrg,~route),type="r")，但会将其发布到我之前更相关的问题中。可能是我的理解问题而不是用函数。
你可能想要~ drug | route
好的，我验证了type = "r" 在第二种方法中不能正常工作。下次我将更新推送到 GitHub 时会修复它。