自定义气泡图

Question

我正在尝试做一个气泡图。我的数据是：

Year<-rep(2001:2005, each = 5)
name<-c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa")
Name<-c(rep(name,5))
Value<-sample(seq(0,25,by=1),25)
mydata<-data.frame(Year,Name,Value)

到目前为止，我已经到了这一点：

ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = Value)) +
  geom_point() +
  theme(axis.line = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size=11,margin=margin(b=10),colour="black"),
        axis.text.y=element_text(size=13,margin=margin(l=10),colour="black",
                                 face="italic"),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title=element_text(size=18,face="bold"),
        panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        legend.text = element_text(size=14),
        legend.title = element_text(size=18))

我需要很多修改，但我不明白怎么做（我对 ggplot2 不是很熟悉）。 首先，我想使用viridis 刻度，但scale_color_viridis 和scale_fill_viridis 都不起作用（我也尝试设置discrete=T 参数）。

其次，我想避免绘制 0 值（即，在绘制 0 值的地方有一个空格），但既不使用na.omit（例如ggplot(na.omit(mydata), aes(x=Year, y=Name, size = Value)) 或ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = na.omit(Value)))）或从 Value 对象工作中删除 0。

第三，我希望图例是一个连续的比例：Value 的绘制值在 1 到 25 的范围内（因为我想删除零）但默认图例是离散的 5分差。

我希望情节看起来或多或少像这样（气泡大小取决于Value 的值）：

有什么建议吗？很抱歉有很多问题，但我在理解 ggplot 的工作原理方面遇到了一些真正的困难。谢谢！

Answer 1

只是作为考虑这个问题的另一种方式......也许它会有所帮助。 :-)

library(tidyverse)

set.seed(123)

df <- tibble(
  year = rep(2001:2005, each = 5),
  name = rep(c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa"),5),
  value = sample(seq(0,25,by=1),25)
)

df %>%
  mutate(name_2 = ifelse(year>2001 & year<2005, NA, name)) %>%
  ggplot(aes(year, value, group = name, label = name_2, color = name)) + 
  geom_line() +
  geom_point() +
  geom_text(vjust = -1) +
  scale_color_brewer(palette = "Set1") +
  theme_minimal(base_family = "serif") +
  theme(legend.position = "none") +
  xlab("")

Answer 2

为了将数据中的变量映射到某种规模，您可以使用aes() 函数将 ggplot2 所谓的“美学”与表达式（通常是数据中列的符号）结合起来。因此，要制作色标，您必须在 aes() 函数内指定 colour 美学。在下面的代码中，我还指定了 alpha 美学，如果 Value > 0 为 1，否则为 0，使 0 值点完全透明。我指定 I() 让 ggplot2 知道它应该按字面意思获取该值，而不是将其映射到比例。

library(ggplot2)
#> Warning: package 'ggplot2' was built under R version 4.0.3

Year<-rep(2001:2005, each = 5)
name<-c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa")
Name<-c(rep(name,5))
Value<-sample(seq(0,25,by=1),25)
mydata<-data.frame(Year,Name,Value)

g <- ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = Value)) +
  geom_point(aes(colour = Value, 
                 alpha = I(as.numeric(Value > 0))))

一旦我们指定了美学，我们就可以开始自定义比例了。典型的模式是scale_{the aesthetic}_{type of scale}，所以如果我们想将颜色值映射到绿色刻度，我们需要添加scale_colour_viridis_c()（*_c是连续刻度）。在比例尺中，我们可以指定例如限制，您指定的范围应该在 1 到 25 之间。另外，我添加了一个 scale_size_area()，我们说我们不希望通过设置来表示点大小的图例`guide = "none"。

g + scale_colour_viridis_c(option = "C", direction = -1,
                         limits = c(1, 25)) +
  scale_size_area(guide = "none") +
  theme(axis.line = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size=11,margin=margin(b=10),colour="black"),
        axis.text.y=element_text(size=13,margin=margin(l=10),colour="black",
                                 face="italic"),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title=element_text(size=18,face="bold"),
        panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        legend.text = element_text(size=14),
        legend.title = element_text(size=18))

^{由reprex package (v1.0.0) 于 2021 年 2 月 24 日创建}

Answer 3

这就是你要找的吗？

library(ggplot2)

Year<-rep(2001:2005, each = 5)
name<-c("John","Ellen","Mark","Randy","Luisa")
Name<-c(rep(name,5))
Value<-sample(seq(0,25,by=1),25)
Value <- ifelse(Value == 0, NA, Value)
mydata<-data.frame(Year,Name,Value)

ggplot(mydata, aes(x=Year, y=Name, size = Value, colour = Value)) +
  geom_point() +
  scale_colour_viridis_c() +
  scale_size(guide = F) +
  theme(axis.line = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size=11,margin=margin(b=10),colour="black"),
        axis.text.y=element_text(size=13,margin=margin(l=10),colour="black",
                                 face="italic"),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title=element_text(size=18,face="bold"),
        panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        legend.text = element_text(size=14),
        legend.title = element_text(size=18))
#> Warning: Removed 1 rows containing missing values (geom_point).

关于你的观点： 我只看到了scale_colour_viridis_c 和scale_colour_viridis_b 函数，就我所见，它们的颜色不同。也许我错过了一些包裹？

其次，关于NAs：您只需将 0 替换为 NAs。

最后关于比例：色阶是自动连续的。连续描述尺寸有点棘手，因此它总是离散的。但是我为您从图例中删除了它，这样您就只有示例中的颜色。