将摘要信息添加到使用 ggplot 创建的密度图答案

【问题标题】：Adding summary information to a density plot created with ggplot将摘要信息添加到使用 ggplot 创建的密度图
【发布时间】：2011-05-31 08:34:02
【问题描述】：

我有一个密度图，我想添加一些摘要信息，例如在中位数处放置一条线，并对 90% 的可信区间（第 5 和第 95 分位数）进行着色。有没有办法在ggplot中做到这一点？

这是我想总结的情节类型：

我可以弄清楚如何从 y=0 到 y= density(median(x)) 画一条线，但我不清楚我是否可以用 90% CI 对绘图进行着色。或者，我可以在密度图上方添加一个水平箱线图，但不清楚如何在不旋转密度图的情况下自行旋转箱线图。

x <- as.vector(rnorm(10000))
d <- as.data.frame(x=x)
library(ggplot2)
ggplot(data = d) + theme_bw() + 
  geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = 'black')

【问题讨论】：

标签： r statistics visualization ggplot2

【解决方案1】：

您可以使用 geom_area() 函数。首先使用 density() 函数明确密度。

x <- as.vector(rnorm(10000))
d <- as.data.frame(x=x)
library(ggplot2)
p <- ggplot(data = d) + theme_bw() + 
  geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = 'black')
# new code is below
q5 <- quantile(x,.05)
q95 <- quantile(x,.95)
medx <- median(x)
x.dens <- density(x)
df.dens <- data.frame(x = x.dens$x, y = x.dens$y)
p + geom_area(data = subset(df.dens, x >= q5 & x <= q95), 
              aes(x=x,y=y), fill = 'blue') +
    geom_vline(xintercept = medx)

【讨论】：

@pchalansani 谢谢你给我看这个。这正是我希望做的......现在我只需要在那里找到中线。我一直在尝试使用 geom_vline 但这似乎不起作用。
@David 我用中线更新了它，不知道为什么 geom_vline 不适合你
@pchalansani 感谢您帮助我继续前进。看起来不错。
@pchalansani 感谢更新，但我遇到了 geom_vline 将线放置在 x=0 而不是中位数的麻烦。如果你变换 x,x <- x+10，你会看到密度移动但线没有...
@David 我查看了 geom_vline 帮助页面，看来您需要使用 xintercept... 那行得通，我修复了代码... had.co.nz/ggplot2/geom_vline.html

【解决方案2】：

我想为像我这样希望添加所有 3 个 Std 区域的人添加 @Prasad Chalasani 的答案。 1 Std 是最深的阴影，2 Std 是中间阴影，3 Std 是最浅的阴影。均值是黑线，中位数是白线。

set.seed(501) # Make random sample reproducible
x <- as.vector(rnorm(100))
d <- as.data.frame(x=x)
library(ggplot2)

p <- ggplot(data=d) +
     theme_bw() + 
     geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = '#619CFF')

# new code is below
q15.9 <- quantile(x, .159) # 1 Std 68.2%
q84.1 <- quantile(x, .841)
q2.3  <- quantile(x, .023) # 2 Std 95.4%
q97.7 <- quantile(x, .977)
q0.01 <- quantile(x, .001) # 3 Std 99.8%
q99.9 <- quantile(x, .999)
meanx <- mean(x)
medx  <- median(x)
x.dens  <- density(x)
df.dens <- data.frame(x=x.dens$x, y=x.dens$y)

p + geom_area(data = subset(df.dens, x >= q15.9 & x <= q84.1), # 1 Std 68.2%
              aes(x=x,y=y), fill='#619CFF', alpha=0.8) +
    geom_area(data = subset(df.dens, x >= q2.3 & x <= q97.7), # 2 Std 95.4%
              aes(x=x,y=y), fill='#619CFF', alpha=0.6) +
    geom_area(data = subset(df.dens, x >= q0.01 & x <= q99.9), # 3 Std 99.8%
              aes(x=x,y=y), fill='#619CFF', alpha=0.3) +
    geom_vline(xintercept=meanx) +
    geom_vline(xintercept=medx, color='#FFFFFF')

【讨论】：

【解决方案3】：

这（也）在中间做垂直线：

ggplot(data = d) + theme_bw() + 
   geom_density(aes(x=x, y = ..density..), color = 'black') + 
   geom_line(aes(x=median(x), y=c(0,.4) ) )

【讨论】：