交互式热图/矩阵可视化答案

【问题标题】：Interactive Heatmap / Matrix Visualization交互式热图/矩阵可视化
【发布时间】：2012-01-19 10:30:03
【问题描述】：

我想在网页上显示我在 R 中生成的热图（矩阵）。我的矩阵看起来像这样，但在我的情况下，大小是 300x300。

基本上我正在寻找一个交互式聚类，它看起来像这样：

我希望能够点击一个分支，然后突出显示选定的组/文本，并淡出矩阵的其余部分。

我环顾四周，找不到太多。我什至不知道我应该为此使用什么语言？ JSON、Flash、HTML5、javascript、谷歌图表？

这里非常感谢任何 cmets 和建议。

谢谢。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

还有一个项目将其调整为更高级的用途，实际上包括鼠标悬停和工具提示，以及线放大： http://code.google.com/p/visquick/

您可能还想看看 jQuery Flot，但请注意，WSJ 使用一家名为 Tableau 的超级昂贵的公司进行数据可视化，您不太可能在开源或免费使用中找到这种级别的可视化效果。包。

【讨论】：

【解决方案2】：

不幸的是，我也有同样的要求。为层次聚类结果创建聚类图（热图 + 树状图）。

对此没有直接的解决方案。我使用 ProtovisGWT (Choosel) 创建树状图和热图，然后将它们组合起来。

如果你只想要 js 库，你可以只使用 protovis 或 d3.js 来实现。

【讨论】：

【解决方案3】：

我建议使用 JavaScript 来完成这项任务。在 R 中将热图另存为 SVG

svg("mymap.svg")
heatmap(...)
dev.off()

然后将其作为对象嵌入到 HTML 文档中

    <object id="test-svg" width="800" height="600" 
type="image/svg+xml" data="test.svg"></object>

现在，您可以使用 JavaScript 或 ECMAScript 进行各种操作。我建议阅读有关此主题的各种在线教程之一。例如，你可以从这个开始：http://www.petercollingridge.co.uk/data-visualisation/using-javascript-control-svg

【讨论】：

【解决方案4】：

D3.js 的 Treemap 很好地解决了这个问题。看这里

【讨论】：

【解决方案5】：

我认为 InCHlib - 交互式集群热图库可能是解决方案。

【讨论】：

【解决方案6】：

你可以试试http://amp.pharm.mssm.edu/clustergrammer/。它不是用 R 编写的，但您可以通过上传制表符分隔格式的矩阵文件来制作交互式集群图，您将获得交互式（可重新排序、可搜索、可过滤等）和可共享的基于 Web 的可视化

【讨论】：

【解决方案7】：

D3heatmap 基于heatmap 和heatmap.2 接口在R 中提供带有树状图的交互式热图。它包括单行和单列选择，但does not currently allow 选择树状图分支。

【讨论】：